Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 89,804 | G→A | 7.3% | E57E (GAG→GAA) | mraZ → | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 89,804 | 0 | G | A | 7.3% | 165.4 / 3.8 | 55 | E57E (GAG→GAA) | mraZ | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/23); new base A (2/2); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
CAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGACAAAAG > NC_000913/89657‑89952 | cAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCa > 2:1305670/1‑150 (MQ=255) cGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAAtt > 2:1192918/1‑150 (MQ=255) gCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATcgc > 1:1073541/1‑150 (MQ=255) cTAACCGGTATCGGGTACAGCTGGTTTAGAACGCTGCCGGTCAAAAGGTTTGCACCATTGTCATTTATCACCCCTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCgg < 2:22205/150‑1 (MQ=255) cccGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTg < 2:932617/150‑1 (MQ=255) cccGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTg > 1:932617/1‑150 (MQ=255) tCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCg < 1:806047/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAg > 2:656551/1‑150 (MQ=255) aGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAACAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAgc > 2:1330277/1‑150 (MQ=255) aGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAACAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAgc > 2:1335070/1‑150 (MQ=255) tgctTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGcc > 1:1216090/1‑150 (MQ=255) tGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACt > 1:812743/1‑150 (MQ=255) gcgaACGCTTCCTGTCAAATGGTTTGCACCATTTACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACTCCCTGCCTCAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGATCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTg < 2:792343/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTa < 1:656551/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCCGGTCAATTGGTTTGCACCATTGACATTTATCTCCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGGCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAg < 1:553330/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCAt < 1:318158/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCAt < 1:1146066/150‑1 (MQ=255) ggTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAATTTATCGAGCAAAAATTATCGCGGCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGcc < 1:970698/150‑1 (MQ=255) ggTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGcc < 1:975711/150‑1 (MQ=255) aaaTTGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGGTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCg < 2:1263628/150‑1 (MQ=255) aaaTGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGt < 1:789175/135‑1 (MQ=255) aaaTGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGt > 2:789175/1‑135 (MQ=255) aTGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGaa > 2:1306556/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGaa < 2:1216090/150‑1 (MQ=255) atGCACCATTCACATTTATCACCCGTTCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGCGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATCAACCCGGTTCAGCGCCGTGTGAATCGCCTACTGTTAGCTCATGCCAGCGAATGTCa > 2:533661/2‑150 (MQ=255) cATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAgatgga < 1:648907/150‑1 (MQ=255) ttGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAgatggatg < 2:1241329/150‑1 (MQ=255) cATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGgcgc > 1:611825/1‑150 (MQ=255) aTTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCa > 1:1210657/1‑150 (MQ=255) tttATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAg < 1:535238/150‑1 (MQ=255) tATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGt < 2:123723/150‑1 (MQ=255) cccGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGAtt > 1:962406/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGtt < 2:679857/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTc < 2:1314210/107‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTc > 1:1314210/1‑107 (MQ=255) ccTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAAt > 1:810597/1‑150 (MQ=255) tgctgcTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATcg > 1:1417567/1‑150 (MQ=255) ttACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGt > 1:281879/1‑150 (MQ=255) tACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTa > 2:1109144/1‑150 (MQ=255) cccTGCCTGAATGGGAAATTATAGAGCAAAAATTATCGAGTATGTCGAGAATGAACCCGGTTGAGAGCCGTGTGAAGAGACTACTGTTAGGTAATGCAAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGATAATCGCGCCAGTACTGc > 2:918979/1‑150 (MQ=255) cctgcctcAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCg < 1:1358634/150‑1 (MQ=255) ctgcctgAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCgg < 1:283468/150‑1 (MQ=255) gcctgAATGGGAAATTATCGAACAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCa < 1:1330277/150‑1 (MQ=255) gcctgAATGGGAAATTATCGAACAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCa < 1:1335070/150‑1 (MQ=255) ctgAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAAc > 2:464846/1‑150 (MQ=255) tgAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACa > 1:936812/1‑150 (MQ=255) tgAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACa > 1:102955/1‑150 (MQ=255) gAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACAt > 1:678251/1‑150 (MQ=255) tGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGcc < 1:1064629/150‑1 (MQ=255) ggAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCgg > 2:1116386/1‑150 (MQ=255) ggAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCgg > 1:915485/1‑150 (MQ=255) aaaTTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGc > 1:764049/1‑150 (MQ=255) tATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGAc > 1:971874/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGACa < 2:146754/150‑1 (MQ=255) aGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGACAAaag > 2:541006/1‑150 (MQ=255) | CAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTGACAAAAG > NC_000913/89657‑89952 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |