| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 631,142 | A→G | 6.8% | S417G (AGT→GGT) | cstA → | carbon starvation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 631,142 | 0 | A | G | 6.8% | 177.5 / 3.1 | 59 | S417G (AGT→GGT) | cstA | carbon starvation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/30); new base G (2/2); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
GATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGC > NC_000913/630994‑631285 | gATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAg < 2:617563/150‑1 (MQ=255) tggtAATGGACTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTGTCCGCCGGTATCATCGTTCCGGGCGTGTATTTTGCCATGATCAGCCCGATGGCGGTGCTGGGTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTa < 1:719872/147‑1 (MQ=255) tAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCt > 2:672063/1‑150 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTg < 2:1033814/150‑1 (MQ=255) aTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGAAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTgg > 1:276309/1‑150 (MQ=255) aaTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCt > 1:574507/1‑150 (MQ=255) aTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCtt > 2:418281/1‑150 (MQ=255) tCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCttt > 1:737082/1‑150 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGt > 1:577539/1‑136 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGt < 2:577539/136‑1 (MQ=255) ttCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGc < 1:1259799/150‑1 (MQ=255) ttCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGAAGCTGGGGCTTTAGc < 1:1191538/150‑1 (MQ=255) tCGTGGCGATTATGGCGCTGGGTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCa < 1:436430/150‑1 (MQ=255) gTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCAtt < 1:632450/150‑1 (MQ=255) tGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTACTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTa > 1:7213/1‑132 (MQ=255) tGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTACTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTa < 2:7213/132‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATAc < 1:37638/150‑1 (MQ=255) ggTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCGATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTTGTTCTTTAGAATTACACCAGATACGCTaaa < 2:276309/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAg < 2:167796/150‑1 (MQ=255) tGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGcc < 1:435256/150‑1 (MQ=255) gTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGa < 1:118260/130‑1 (MQ=255) gTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGa > 2:118260/1‑130 (MQ=255) atcatcGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGc > 1:1185668/1‑150 (MQ=255) catcGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGa > 1:392121/1‑150 (MQ=255) atcGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGaa > 2:566807/1‑150 (MQ=255) atcGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGaa > 1:845445/1‑150 (MQ=255) tcGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAg < 1:210755/150‑1 (MQ=255) gATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTg < 1:672063/150‑1 (MQ=255) cGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTg > 2:834064/1‑150 (MQ=255) tgtATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGt < 2:1259068/150‑1 (MQ=255) gtATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTTAACAGTc > 2:916079/1‑150 (MQ=255) aTTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGa < 1:418281/150‑1 (MQ=255) aTGAACAGCCCGATGGCGGTGGTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGTACAGTCGATGATTTcc < 2:443346/150‑1 (MQ=255) aTGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGGGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTcc < 2:448081/150‑1 (MQ=255) aaCAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAAcc < 2:1034937/109‑1 (MQ=255) aaCAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAAcc > 1:1034937/1‑109 (MQ=255) aaCAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGt > 2:471468/1‑150 (MQ=255) aGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTgcg < 2:737082/150‑1 (MQ=255) gCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGGGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTgcgg > 1:800116/1‑150 (MQ=255) gCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGGGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTgcgg > 1:805188/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCGGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTTGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTgcg < 2:1308253/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACAAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGcc > 2:1003763/1‑150 (MQ=255) cTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACCCCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTgg > 1:1079369/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGGGGTGAGTAGCGGGGGCGTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCgg < 2:1389570/150‑1 (MQ=255) gCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTg < 1:1423280/150‑1 (MQ=255) gggACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTgggg > 2:883155/1‑150 (MQ=255) gACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGCCGCTGGCGGTGGGGAt > 2:278800/1‑150 (MQ=255) gcggATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGcc > 2:793133/1‑150 (MQ=255) ggTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTc < 2:118758/149‑1 (MQ=255) ggTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTc > 1:118758/1‑149 (MQ=255) ggTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCt > 2:390190/1‑150 (MQ=255) ggTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCt > 2:531583/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGGGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGc < 2:800116/150‑1 (MQ=255) tCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGGGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGc < 2:805188/150‑1 (MQ=255) tCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGc > 2:179096/1‑150 (MQ=255) gcGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGGCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGc < 1:73406/149‑1 (MQ=255) tCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGgc < 2:574507/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGggc < 1:1092471/150‑1 (MQ=255) gtggtgAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGggcggc < 2:1185668/150‑1 (MQ=255) | GATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGC > NC_000913/630994‑631285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |