| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 770,805 | G→A | 5.0% | intergenic (+194/‑653) | mngB → / → cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 770,805 | 0 | G | A | 5.0% | 317.3 / 3.8 | 99 | intergenic (+194/‑653) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/38); new base A (2/3); total (58/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
CAAAGGGCGCTTTGTTCATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTGCAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTG > NC_000913/770656‑770949 | cAAAGGGCGCTTTGTTCATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTGCAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACg > 1:806367/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGCTTTGTTCATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTGCAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGta < 2:128226/150‑1 (MQ=255) aaGGGCGCTTTGTTCATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTGCAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGta < 1:985220/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |