| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,237,608 | T→C | 9.5% | V13A (GTT→GCT) | dadA → | D‑amino acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,237,608 | 0 | T | C | 9.5% | 170.6 / 8.5 | 63 | V13A (GTT→GCT) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/23); new base C (2/4); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
TGAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTT > NC_000913/1237460‑1237755 | tgAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGtt > 1:1411974/1‑150 (MQ=255) aCCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTg < 2:1100408/150‑1 (MQ=255) cATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTTAGTTATCAAGATTTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGCTGGCAACGCCtacc < 2:1127076/150‑4 (MQ=255) 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attCATTTAATCTATCTACCGTTATACGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCATGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGaaa > 2:1214417/1‑150 (MQ=255) ttCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAAc < 1:664937/150‑1 (MQ=255) tCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAAcc < 1:91235/150‑1 (MQ=255) tACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGc < 1:31369/150‑1 (MQ=255) aCTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGcc > 1:1246261/1‑150 (MQ=255) cTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCcg > 2:332106/1‑150 (MQ=255) aCCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGcc > 1:301172/1‑150 (MQ=255) ccGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCg > 1:437337/1‑150 (MQ=255) gTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCggg > 2:122574/1‑150 (MQ=255) cGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAAt > 2:963034/1‑150 (MQ=255) 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tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat < 2:1223662/150‑1 (MQ=255) tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat > 2:675740/1‑150 (MQ=255) tGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATAtgctgc > 1:90667/1‑150 (MQ=255) tGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATAtgctgc > 1:85526/1‑150 (MQ=255) aTACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCg > 2:1175345/1‑150 (MQ=255) aCTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTg > 1:441787/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGggcgg > 1:269656/1‑150 (MQ=255) tgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 1:1286878/1‑150 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt < 1:816762/150‑1 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt > 2:392097/1‑150 (MQ=255) 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aGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGcc < 2:437337/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 1:1053862/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 1:287058/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 2:564319/1‑150 (MQ=255) gCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCtt > 2:1066282/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCttt > 2:1371070/1‑150 (MQ=255) | TGAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTT > NC_000913/1237460‑1237755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |