Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,237,614 | G→A | 9.2% | S15N (AGC→AAC) | dadA → | D‑amino acid dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,237,614 | 0 | G | A | 9.2% | 189.1 / 6.5 | 65 | S15N (AGC→AAC) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/24); new base A (2/4); total (37/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 |
ACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTAAAAG > NC_000913/1237471‑1237760 | aCCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTg < 2:1100408/150‑1 (MQ=255) cATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTTAGTTATCAAGATTTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGCTGGCAACGCCtacc < 2:1127076/150‑4 (MQ=255) cATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGCTGGCAACGCCtacc < 2:382102/150‑4 (MQ=255) aTAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTa > 2:91235/1‑150 (MQ=255) aTAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTAAGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTa > 2:29633/1‑150 (MQ=255) tAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGCTGGCAACGCCtaccac < 2:499950/150‑6 (MQ=255) aaaaaaGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACt < 1:1059755/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGCTGGCAACGCCtaccacac < 1:15083/150‑8 (MQ=255) 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tattattCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTg < 2:340117/150‑1 (MQ=255) tattattCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTg < 2:334917/150‑1 (MQ=255) ttattCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGa > 2:682720/1‑150 (MQ=255) ttattCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGa > 2:824680/1‑150 (MQ=255) attCATTTAATCTATCTACCGTTATACGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCATGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGaaa > 2:1214417/1‑150 (MQ=255) ttCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAAc < 1:664937/150‑1 (MQ=255) tCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAAcc < 1:91235/150‑1 (MQ=255) tACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGc < 1:31369/150‑1 (MQ=255) aCTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGcc > 1:1246261/1‑150 (MQ=255) cTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCcg > 2:332106/1‑150 (MQ=255) aCCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGcc > 1:301172/1‑150 (MQ=255) ccGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCg > 1:437337/1‑150 (MQ=255) gTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCggg > 2:122574/1‑150 (MQ=255) cGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAAt > 2:963034/1‑150 (MQ=255) cGGAGTGGCTAAGCGACTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAAt > 2:816762/1‑150 (MQ=255) ggCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTcccc < 2:445799/150‑1 (MQ=255) ggCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTcccc > 2:659243/1‑150 (MQ=255) gCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTccccc > 1:1223662/1‑150 (MQ=255) tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat < 2:1411974/150‑1 (MQ=255) tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat < 2:1223662/150‑1 (MQ=255) tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat > 2:675740/1‑150 (MQ=255) tGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATAtgctgc > 1:90667/1‑150 (MQ=255) tGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATAtgctgc > 1:85526/1‑150 (MQ=255) aTACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCg > 2:1175345/1‑150 (MQ=255) aCTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTg > 1:441787/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGggcgg > 1:269656/1‑150 (MQ=255) tgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 1:1286878/1‑150 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt < 1:816762/150‑1 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt > 2:392097/1‑150 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGCATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt > 1:730099/1‑150 (MQ=255) ccaGGCGCTGGCAACGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGtgtg > 1:676845/3‑150 (MQ=255) ccaGGCGCTGGCAACGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGtgtg > 1:98083/3‑150 (MQ=255) tAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGTGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGc < 2:587045/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGcc < 2:523252/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGcc < 2:437337/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 2:564319/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 1:287058/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCt > 1:1053862/1‑150 (MQ=255) gCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCtt > 2:1066282/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCttt > 2:1371070/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTaaa > 2:80864/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTAAAAg < 1:824680/150‑1 (MQ=255) | ACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTAAAAG > NC_000913/1237471‑1237760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |