Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,357,224 | G→A | 8.8% | intergenic (‑114/+199) | sapA ← / ← ymjA | putative periplasmic binding protein SapA/DUF2543 domain‑containing protein YmjA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,357,224 | 0 | G | A | 8.8% | 202.9 / 6.5 | 68 | intergenic (‑114/+199) | sapA/ymjA | putative periplasmic binding protein SapA/DUF2543 domain‑containing protein YmjA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/28); new base A (3/3); total (37/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
AGCAATCACCAAAAGAGACGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCGCCATCTGTTCAACATTCGTACCCGTGATTTCTCTATAACTATAACTCACAGAACAACTTAGCGAGGAGCAGAGCGGTACGATCGTGAGAAACCCATTAAAGCACGCTGCAGTGCGTGTCATTGTTAGCCAGATGCGG > NC_000913/1357075‑1357369 | aGCAATCACCAAAAGAGAAGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGCGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAgg > 2:579699/1‑150 (MQ=255) ccAAAAGAGACGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCg > 2:925261/1‑150 (MQ=255) ccAAAAGAGACGATAATACCTGGCGCATAATATTAAGGGATTTTATGTAAAGAGGCTATCTTACTAATATTTAATGACATTTGCCATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTCg > 1:670103/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |