| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,376,952 | T→A | 8.9% | C41S (TGT→AGT) ‡ | ycjS → | putative oxidoreductase YcjS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,952 | 0 | T | A | 8.9% | 235.7 / 10.9 | 79 | C41S (TGT→AGT) ‡ | ycjS | putative oxidoreductase YcjS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/37); new base A (3/4); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CCTGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAA > NC_000913/1376803‑1377092 | ccTGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtct > 2:352665/1‑150 (MQ=255) tGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctgt < 1:1360087/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCtgtg > 2:1079871/1‑150 (MQ=255) gcttGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGCTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCtgtg > 2:184506/3‑150 (MQ=255) gCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAg < 1:648825/150‑1 (MQ=255) cGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAgc < 1:63763/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCACAGACAgccac < 2:543657/150‑3 (MQ=255) cTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCACAGACAgccacca < 1:992981/150‑2 (MQ=255) gCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCttt > 2:982793/1‑150 (MQ=255) cTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTc < 1:606454/150‑1 (MQ=255) aaGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTccc > 1:1253036/1‑150 (MQ=255) aaGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccaccagttcc < 1:669464/150‑7 (MQ=255) agagGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCca > 1:576332/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggcg < 2:284949/150‑1 (MQ=255) gTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggcg < 1:946249/150‑1 (MQ=255) cTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggcgca > 1:211119/1‑150 (MQ=255) tttGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggcgcag > 1:319631/1‑150 (MQ=255) gtgAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggcgcaggcg > 2:1128472/1‑150 (MQ=255) 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aaGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGc < 1:223347/150‑1 (MQ=255) aaGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGc < 1:982793/150‑1 (MQ=255) aaGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGc < 1:1221286/150‑1 (MQ=255) aGTGCATTGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGGCAGGGGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCATCGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTTACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCa < 1:754789/150‑1 (MQ=255) cAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGaaa < 1:52358/150‑1 (MQ=255) gACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATa < 1:831963/150‑1 (MQ=255) aCAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATAc < 1:892723/150‑1 (MQ=255) aCAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATAc > 1:340683/1‑150 (MQ=255) aGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACggg > 1:1316207/1‑150 (MQ=255) aGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACggg < 2:725302/150‑1 (MQ=255) tctcCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAAt > 2:1373578/1‑150 (MQ=255) tcCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGc > 1:1302766/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATc < 1:743166/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATcc > 2:1037632/1‑150 (MQ=255) tGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCg < 2:1376098/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGGTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGTAACTGGTGGCTGTCTTTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCg < 2:1376102/150‑1 (MQ=255) cGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATg > 1:363272/1‑142 (MQ=255) cGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATg < 2:363272/142‑1 (MQ=255) cGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATTCATCCgtg < 1:1128472/150‑1 (MQ=255) cGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCgtg < 1:326131/150‑1 (MQ=255) 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NC_000913/1376803‑1377092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |