Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,413,033 | G→C | 5.5% | S68C (TCC→TGC) | intR ← | Rac prophage; putative integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,413,033 | 0 | G | C | 5.5% | 1047.1 / 35.0 | 303 | S68C (TCC→TGC) | intR | Rac prophage; putative integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/154); new base C (8/9); total (138/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAAC > NC_000913/1412885‑1413182 | attattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgg > 2:431089/1‑150 (MQ=255) ttattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTggg < 1:98341/150‑1 (MQ=255) tattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgggg < 1:1266681/150‑1 (MQ=255) 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tttccccAGTCCAGCACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTc > 1:1123784/4‑150 (MQ=255) ttGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTc < 1:930549/150‑1 (MQ=255) ttccccAGTCCAGCACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc > 2:1092648/3‑150 (MQ=255) tGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc < 1:1191629/150‑1 (MQ=255) tGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc < 2:467946/150‑1 (MQ=255) 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cTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATg < 1:1062768/150‑1 (MQ=255) tGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGa > 1:671498/1‑150 (MQ=255) | AATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAAC > NC_000913/1412885‑1413182 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |