| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,598,527 | T→G | 5.1% | intergenic (‑441/+90) | yneO ← / ← lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,598,527 | 0 | T | G | 5.1% | 446.1 / 13.0 | 136 | intergenic (‑441/+90) | yneO/lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/74); new base G (2/5); total (57/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCT > NC_000913/1598378‑1598675 | cGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCtttt < 2:446568/150‑1 (MQ=255) cGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCtttt < 1:1234022/150‑1 (MQ=255) cGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGATTAACGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCtttt > 2:562884/1‑150 (MQ=255) 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tttAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCt > 2:1185596/1‑150 (MQ=255) | TCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCT > NC_000913/1598378‑1598675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |