| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,598,529 | A→T | 5.1% | intergenic (‑443/+88) | yneO ← / ← lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,598,529 | 0 | A | T | 5.1% | 457.5 / 9.7 | 137 | intergenic (‑443/+88) | yneO/lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/73); new base T (2/5); total (59/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGA > NC_000913/1598380‑1598677 | aGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAAc > 2:881650/1‑150 (MQ=255) aGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAAc < 2:1397880/150‑1 (MQ=255) aGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAAc > 2:346855/1‑150 (MQ=255) 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tGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGAcgtcgt > 1:423312/1‑150 (MQ=255) gAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCa < 1:456260/150‑1 (MQ=255) tGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCAt < 1:557153/150‑1 (MQ=255) aaTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAAGTATACTCAAAACCTAACCGCCCCGGTCATCATGA‑TGTGGCGGGCAATGAAAATATACCCCAGGCGCTTGCCATAACGCCGTCGGCAGTCCATGa > 1:1117257/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt < 1:1254891/150‑1 (MQ=255) aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt < 1:1173367/150‑1 (MQ=255) aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt < 2:968968/150‑1 (MQ=255) tttagaGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCa > 1:1115443/6‑150 (MQ=255) cAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAAcc > 1:154954/1‑150 (MQ=255) cAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAAcc < 1:562884/150‑1 (MQ=255) gaGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCa > 1:1244491/2‑150 (MQ=255) cTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGcc > 2:1295406/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGcc > 1:841262/1‑150 (MQ=255) ggCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGcccc < 1:1116054/150‑1 (MQ=255) cTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAg > 1:235306/1‑150 (MQ=255) cTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAg > 1:147367/1‑150 (MQ=255) tAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGa > 1:1174061/1‑150 (MQ=255) | GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGA > NC_000913/1598380‑1598677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |