Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,720,365 | T→A | 8.1% | intergenic (+22/+25) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein SlyB/DNA‑binding transcriptional dual regulator SlyA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,720,365 | 0 | T | A | 8.1% | 184.6 / 5.8 | 62 | intergenic (+22/+25) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein SlyB/DNA‑binding transcriptional dual regulator SlyA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/28); new base A (2/3); total (31/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
TGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCTT > NC_000913/1720216‑1720514 | tGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt > 1:234042/1‑150 (MQ=255) ggAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:535748/1‑150 (MQ=255) ggAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt > 2:1414228/1‑149 (MQ=255) 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cGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGc < 1:393484/150‑1 (MQ=255) cGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGc < 2:1147081/150‑1 (MQ=255) gggCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATATGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCg < 2:535748/150‑1 (MQ=255) aC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGc > 1:270529/1‑150 (MQ=255) gtgtCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGt < 1:1015419/150‑1 (MQ=255) 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cAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACa < 2:597171/150‑1 (MQ=255) aGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCCCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAg < 2:894702/150‑1 (MQ=255) ttACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGATCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCtt > 2:31307/1‑150 (MQ=255) | TGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAAC‑GTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCTT > NC_000913/1720216‑1720514 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |