| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,872,578 | A→G | 6.5% | N180D (AAC→GAC) | dgcJ → | putative diguanylate cyclase DgcJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,872,578 | 0 | A | G | 6.5% | 182.6 / 3.0 | 61 | N180D (AAC→GAC) | dgcJ | putative diguanylate cyclase DgcJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/28); new base G (2/2); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
GATCAGGCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGTTTGCTGACGCCGGTATATGTCGC > NC_000913/1872431‑1872726 | gATCAGGCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAAc > 2:252453/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACt < 2:794424/150‑1 (MQ=255) aGGCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGt > 1:210550/1‑150 (MQ=255) ggCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGtc > 1:227888/1‑150 (MQ=255) gTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGtccttc > 2:504585/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGtccttcc < 1:61266/150‑1 (MQ=255) ggAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGtccttcct > 2:435993/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGtccttcct > 2:672699/1‑150 (MQ=255) 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ggTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCatcgatc < 2:438417/142‑1 (MQ=255) gTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGata < 2:1349475/150‑1 (MQ=255) cTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATAtt > 2:976938/1‑150 (MQ=255) ttGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTg < 2:282939/150‑1 (MQ=255) ttGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTg < 1:435993/150‑1 (MQ=255) tGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGa < 2:137515/150‑1 (MQ=255) tGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAgg < 1:976938/150‑1 (MQ=255) gCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTa < 2:180285/150‑1 (MQ=255) gatcaaTTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTAcc < 2:1389791/146‑1 (MQ=255) aaTTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGc > 1:307522/1‑150 (MQ=255) 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tGTTGAATACTTTGCGATGAATGACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGttt < 2:223957/150‑1 (MQ=255) tGTTGAATACTTTGCGATGAATGACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGttt < 2:218752/150‑1 (MQ=255) aCTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACt > 1:785745/1‑122 (MQ=255) aCTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACt < 2:785745/122‑1 (MQ=255) ttGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGTTTGCTGACGCCgg < 1:129733/150‑1 (MQ=255) gCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTAAAGAATTTAAGAGAATATAAAAAGATAATGTTAGTAAACAGAACTTCATGAGTTTGCGGACGCCGGta > 2:31296/1‑150 (MQ=255) cGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGTTTGCTGACGCCGGtat > 1:769320/1‑150 (MQ=255) tAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGTTTGCTGACGCCGGTATATGTCGc > 2:1035968/1‑150 (MQ=255) | GATCAGGCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAAGAGAAATTTCACTATTATCTCGATCTCAATGACCGCTATGTCTATTTTTATGAGCCGGTTAATGTTGAATACTTTGCGATGAATAACTGGTCCTTCCTGCAGTCAGGAAGTATTGGCATCGATCGCAAAGATATTGAAAAGGTATTTACCGGGCGTACCGTATTGTCGAGCATTTACCAGGATCAGCGTACTAAACAGAACGTGATGAGTTTGCTGACGCCGGTATATGTCGC > NC_000913/1872431‑1872726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |