Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,920,848 | C→T | 7.1% | A209V (GCG→GTG) | rsmF → | 16S rRNA m(5)C1407 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,920,848 | 0 | C | T | 7.1% | 170.1 / 2.7 | 56 | A209V (GCG→GTG) | rsmF | 16S rRNA m(5)C1407 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/31); new base T (2/2); total (23/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 |
GCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAGGAAGAAAACGAAGCCGTTTGCC > NC_000913/1920700‑1920997 | gCCAATATCAGACGCTGTGTTATCAGTAATGTTGAGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATgcg > 2:1060460/1‑150 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATgcgc > 2:513021/1‑150 (MQ=255) cAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCt > 2:371219/1‑150 (MQ=255) aaTATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTa < 2:904886/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTaaaaaa > 1:1290472/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACt < 1:128531/150‑1 (MQ=255) gCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGTGCTAAAAAACTGGt > 2:121983/1‑150 (MQ=255) gCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGTGCTAAAAAACTGGt > 2:116873/1‑150 (MQ=255) tATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGa > 2:1278986/1‑150 (MQ=255) cAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAg < 2:29975/150‑1 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCa > 2:1101804/1‑150 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCa > 2:991961/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAg > 2:1162201/1‑150 (MQ=255) cTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATc > 1:1291270/1‑150 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGc < 2:264337/150‑1 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGc < 2:150950/150‑1 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAg > 2:155600/1‑148 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAg < 1:155600/148‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTac < 1:1060460/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACg > 2:773698/1‑150 (MQ=255) gcgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGc > 1:1195229/1‑150 (MQ=255) cgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCt < 1:371219/150‑1 (MQ=255) catggttGGTGCGGCAGGGCCAGAAATGATCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCt < 2:1279343/145‑1 (MQ=255) gtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTAt > 1:976513/1‑150 (MQ=255) gtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTAt > 2:1131220/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCg < 2:550006/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCg < 2:1290472/150‑1 (MQ=255) tGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAg < 2:183072/150‑1 (MQ=255) gCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAgc > 1:351716/1‑150 (MQ=255) cGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAgcg > 1:1160406/1‑150 (MQ=255) gTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCttt < 2:1402337/150‑1 (MQ=255) gCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGTGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCa < 1:116873/150‑1 (MQ=255) gCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGTGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCa < 1:121983/150‑1 (MQ=255) gCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCa < 1:199448/150‑1 (MQ=255) ccAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTTAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACCCCGGGAGCTTATCGACAGCGGCTTTcgt > 2:1268727/1‑148 (MQ=255) ccAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCAt < 1:773698/150‑1 (MQ=255) cAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACTCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCAGCATAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATg < 2:1018717/150‑1 (MQ=255) cAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATg < 1:991961/150‑1 (MQ=255) aGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGc < 1:1278986/150‑1 (MQ=255) aTGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTa > 2:684490/1‑150 (MQ=255) gTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACg > 2:41824/1‑150 (MQ=255) cGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTcc < 2:1393255/150‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTggtggt < 1:513021/150‑1 (MQ=255) tGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTgg < 1:915972/150‑1 (MQ=255) cGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTa > 1:848807/1‑150 (MQ=255) cccTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGTAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCg < 2:811848/150‑1 (MQ=255) tGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGAcc > 2:573561/1‑150 (MQ=255) ctctGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTg < 1:583675/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGTAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTAc < 2:981562/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTaa < 1:1357330/150‑1 (MQ=255) aGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTaaa < 2:1310969/150‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAg < 1:1101804/150‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAg < 2:1195229/150‑1 (MQ=255) aaaGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCg > 2:1158155/1‑123 (MQ=255) aaaGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCg < 1:1158155/123‑1 (MQ=255) aaGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTAcc < 2:1356534/131‑1 (MQ=255) aaGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTAcc > 1:1356534/1‑131 (MQ=255) aGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAGGAAGAAAACGa < 1:1131220/150‑1 (MQ=255) cgcTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGTGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAGGAAGAAAACGAAGCCGTTTGcc < 2:193690/150‑1 (MQ=255) | GCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGTGCGTAAAGATCCCGATGCGCTAAAAAACTGGTCACCAGAAAGCAATCAGGAAATCGCAGCTACACAACGGGAGCTTATCGACAGCGCCTTTCATGCATTACGTCCTGGTGGTACGCTGGTTTACTCGACCTGTACCTTAAACCAGGAAGAAAACGAAGCCGTTTGCC > NC_000913/1920700‑1920997 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |