Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,972,653 | A→T | 5.4% | intergenic (+16/+16) | tas → / ← lplT | putative NADP(H)‑dependent aldo‑keto reductase Tas/lysophospholipid transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,972,653 | 0 | A | T | 5.4% | 304.9 / 5.1 | 93 | intergenic (+16/+16) | tas/lplT | putative NADP(H)‑dependent aldo‑keto reductase Tas/lysophospholipid transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/43); new base T (3/2); total (48/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
GCACTCTGCTGGGCGCAACCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATCAACAACATGG > NC_000913/2972507‑2972802 | gCACTCTGCTGGGCGCAACCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAAc < 1:949279/150‑1 (MQ=255) ctgGGCGCAACCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTa > 1:1006291/1‑150 (MQ=255) gggCGCAACCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTaaa < 2:394682/150‑1 (MQ=255) 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aCCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAAt > 1:1390274/1‑150 (MQ=255) ccACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATg > 2:338288/1‑150 (MQ=255) tGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGgcg > 2:1382688/1‑150 (MQ=255) gATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAAt < 2:1173132/141‑1 (MQ=255) gATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAAt > 1:1173132/1‑141 (MQ=255) aGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCg < 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aaCATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAgcg > 1:627767/1‑150 (MQ=255) aCATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAgcgc < 2:846724/150‑1 (MQ=255) aTCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCg > 2:320831/1‑150 (MQ=255) cGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGtt > 2:146639/1‑150 (MQ=255) cGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGtt < 2:1276583/150‑1 (MQ=255) cGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGtt > 2:54814/1‑150 (MQ=255) aaGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTAtt < 1:1249400/150‑1 (MQ=255) tttGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGcc < 1:582200/150‑1 (MQ=255) ttGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCa < 1:1170479/150‑1 (MQ=255) tGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAg < 2:681110/150‑1 (MQ=255) 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tAACGCCGGTTTTAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCa > 1:486713/1‑150 (MQ=255) tAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCa < 1:1252976/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCAt < 1:273046/150‑1 (MQ=255) ccGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAg > 2:772027/1‑132 (MQ=255) ccGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAg < 1:772027/132‑1 (MQ=255) ccGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATcaac < 1:801263/150‑1 (MQ=255) cGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATcaaca < 1:146639/150‑1 (MQ=255) cGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATcaaca < 2:959494/150‑1 (MQ=255) ggTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATcaacaa > 1:432116/1‑150 (MQ=255) gTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATCaacaac > 1:1200787/1‑150 (MQ=255) ttAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATCAacaaca > 1:713631/1‑150 (MQ=255) tAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGAACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCCGCGAGTAAATGCCCAGCATCAACAACAt > 1:517579/1‑150 (MQ=255) aaaCCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATCAACAACATgg > 1:1031123/1‑150 (MQ=255) | GCACTCTGCTGGGCGCAACCACGATGGATCAGCTGAAAACTAACATCGAAAGTTTGCATCTGGAGTTAAGCGAAGACGTATTAGCTGAAATTGAAGCGGTGCATCAGGTTTATACTTATCCGGCACCATAAGATTAACGCCGGTTAAAACCGGCGTTAAATATTAATGACGGCGCTGCCAGATCCACAGCGCCGTTATTGCCAGCGCAAACAGCGCACCGAAGCCAATGCCAATGGGCACGACCGGGATGCCTATCATTACCGCCAGCGAGTAAATGCCCAGCATCAACAACATGG > NC_000913/2972507‑2972802 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |