Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,299,273 | Δ1 bp | 5.4% | intergenic (+28/‑258) | ychE → / → insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,299,273 | 0 | T | . | 5.4% | 369.1 / 12.7 | 111 | intergenic (+28/‑258) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/42); new base . (4/2); total (67/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACA > NC_000913/1299125‑1299421 | ggTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATg > 1:826261/1‑150 (MQ=255) tACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCg > 2:603860/1‑150 (MQ=255) cGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGtt > 1:1046469/1‑150 (MQ=255) cGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGtt < 2:1316295/150‑1 (MQ=255) gCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGTCATTGGCGATTGAATTAATCGTTACTGGTATTAAGTGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGttt < 2:534008/150‑1 (MQ=255) gCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGttt > 1:867047/1‑150 (MQ=255) gCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGttt < 1:458985/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCATGGCA‑GCTCCGtttca < 1:788453/150‑3 (MQ=255) 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atGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCgcgc > 1:1231954/1‑150 (MQ=255) atGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCgcgc > 1:1237212/1‑150 (MQ=255) tGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCa > 2:184070/1‑150 (MQ=255) ggggCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAg < 1:1156123/150‑1 (MQ=255) ggggCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAg > 2:109132/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |