| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,679,434:1 | +C | 8.8% | intergenic (‑67/+30) | yphF ← / ← yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,679,434 | 1 | . | C | 8.8% | 440.8 / 40.7 | 114 | intergenic (‑67/+30) | yphF/yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (54/50); new base C (7/3); total (61/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCTCCC > NC_000913/2679286‑2679579 | cAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGcc < 1:379137/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGcc < 2:951818/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGcc > 2:1035655/1‑150 (MQ=255) 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atgaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTg < 1:99895/149‑1 (MQ=255) tgaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTgcg > 2:697130/1‑150 (MQ=255) tgaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTgcg < 1:159210/150‑1 (MQ=255) tgaGCGGCA‑CGCGCTGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTgcg > 1:482631/1‑150 (MQ=255) gaGCGGCAGTGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTgcgc > 2:1333072/1‑150 (MQ=255) gaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATGTTgcgc > 2:1477405/1‑150 (MQ=255) gCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCaa < 2:40312/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAAcc > 1:105539/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCt < 1:175790/150‑1 (MQ=255) gcgcG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCTccc < 2:1083439/150‑1 (MQ=255) | CCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCTCCC > NC_000913/2679286‑2679579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |