| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,420,667:1 | +C | 5.1% | coding (534/1182 nt) | yhdX → | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,420,667 | 1 | . | C | 5.1% | 410.5 / 16.5 | 98 | coding (534/1182 nt) | yhdX | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (47/46); new base C (2/3); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCC > NC_000913/3420518‑3420816 | gagaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg < 2:1435084/150‑1 (MQ=255) agaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTCTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑g < 2:804115/150‑1 (MQ=255) taTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 2:204912/149‑1 (MQ=255) gaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 1:1043703/150‑1 (MQ=255) gaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 1:156427/150‑1 (MQ=255) tCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑Ggag > 1:627094/1‑150 (MQ=255) gcGTAATTTTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCTGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACgg < 2:1084444/149‑1 (MQ=255) gTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaa < 1:1344152/150‑2 (MQ=255) gTAATATTCCCCCCCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACAACGACAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGACTTTTTGAGCAATCGTTGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGAt > 2:1231132/1‑150 (MQ=255) tAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaat < 1:745105/150‑3 (MQ=255) atatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTa < 1:541737/150‑1 (MQ=255) tatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaatata < 1:1266776/150‑6 (MQ=255) tatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTAt > 1:1526692/1‑150 (MQ=255) 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tcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTa < 1:442547/150‑1 (MQ=255) tctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATgg > 1:928941/1‑150 (MQ=255) ctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGc < 1:1331108/150‑1 (MQ=255) tGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCt > 1:936652/1‑150 (MQ=255) tGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCt < 1:918551/150‑1 (MQ=255) ggTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCta > 1:1006711/1‑150 (MQ=255) gTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCtat < 1:672534/150‑1 (MQ=255) tACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCtata > 2:242357/1‑150 (MQ=255) tttGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTc > 2:473028/1‑150 (MQ=255) gCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCtt > 1:808354/1‑150 (MQ=255) 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atatTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACATGGCCGATCGCCGCAg > 2:849287/1‑150 (MQ=255) atTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAgtg > 2:1025811/1‑150 (MQ=255) aatCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAgtg > 2:1360048/3‑150 (MQ=255) ttCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAgtgt > 1:856560/1‑150 (MQ=255) atCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAgtgt > 2:45030/2‑150 (MQ=255) 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GAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCC > NC_000913/3420518‑3420816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |