New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 509487 | 74 (0.850) | 4 (0.050) | 4/266 | NT | 5.1% | coding (1893/2505 nt) | copA | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
? | NC_000913 | = 509502 | 77 (0.910) | coding (1878/2505 nt) | copA | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
CGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACC > NC_000913/509342‑509636 | cGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTg > 1:545414/1‑150 (MQ=255) ggtggtTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGc < 2:83920/150‑1 (MQ=255) gtggtTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGcc < 1:288809/150‑1 (MQ=255) ggtTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGcccc > 1:1434954/1‑150 (MQ=255) tGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCTCTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTg < 2:931409/150‑1 (MQ=255) gggTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGc < 1:581630/150‑1 (MQ=255) gggTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGc < 2:1517441/150‑1 (MQ=255) ggTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCAATCTAAAGCTACTCAACTTATCGAGTACTGCCCTCAGGGCTACCGCTATCACGTCGACCGCACAAATAACAAGAGTTGCCCCTTGCg > 2:1362932/1‑150 (MQ=255) tATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATg < 2:117093‑M2/150‑2 (MQ=255) cccGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCatcgcaaggggcaacgcctg < 1:393472‑M1/150‑21 (MQ=255) cGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAg < 1:365509/150‑1 (MQ=255) ggTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGc < 2:1294875/150‑1 (MQ=255) cATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAAt > 1:425235/1‑150 (MQ=255) aTCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAAtc < 2:968618/150‑1 (MQ=255) tCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAAtct > 2:308998/1‑150 (MQ=255) tCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAAtct > 2:51033/1‑150 (MQ=255) cACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCatcgcaaggggcaacgcctgtgctgctggcgg < 2:885044‑M1/150‑33 (MQ=255) cACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTaa > 2:149510/1‑146 (MQ=255) 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atatCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGAt < 2:545414/150‑1 (MQ=255) taccGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTAAGCAACGGATAGAGTACTGCCAGCAGGGCTACCGATTTCCCGTCAACCGCAAGCAGAACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGAAGTAATCTCCGCTTCGATAGc > 2:732033/3‑150 (MQ=255) cccGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCt > 2:393968/1‑150 (MQ=255) cGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCttt > 2:88096/1‑150 (MQ=255) cTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTgg > 2:119834/1‑150 (MQ=255) 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ccGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATgcctgtgctgctggcggttgacgggaaagcggtagccctgctggcagtacgcgatccgttgcgtagtgatagcgtggcggcgctgcaacgcctgcataaagcgggatatcgtctggtg < 2:885044‑M2/150‑119 (MQ=255) cGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCcgcg > 1:321552/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCcgcg < 1:377453/150‑1 (MQ=255) gcaCAGGCGTTGCCCCTTGCGATgcctgtgctgctggcggttgacgggaaagcggtagccctgctggcagtacgcgatccgttgcgtagtgatagcgtggcggcgct > 1:666418‑M2/1‑23 (MQ=255) gcaCAGGCGTTGCCCCTTGCGATgcctgtgctgctggcggttgacgggaaagcggtagccctgctggcagtacgcgatccgttgcgtagtgatagcgtggcggcgct < 2:666418‑M2/107‑85 (MQ=255) gcaCAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGc < 1:532316/150‑1 (MQ=255) cacaGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCg < 1:239285/150‑1 (MQ=255) cacaGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCg > 2:387872/1‑150 (MQ=255) cacaGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCg < 2:373237/150‑1 (MQ=255) acaGGCGTTGCCCCTTGCGAGGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACACATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCgg < 2:376345/150‑1 (MQ=255) caGGCGTTGCCCCTTGCGATgcctgtgctgctggcggttgacgggaaagcggtagccctgctggcagtacgcgatccgttgcgtagtgatagcgtggcggcgctgcaacgcctgcataaagcgggatatcgtctggtgatgttgaccggg < 1:393472‑M2/150‑131 (MQ=255) caGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCACAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCTCTCACGCCCAGCCCGCCCAATGTCCGGa > 2:1351505/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGaa > 1:1370029/1‑150 (MQ=255) gCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGc > 1:1094458/1‑120 (MQ=255) gCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGc < 2:1094458/120‑1 (MQ=255) catcgcaaggggcaacgcctgtgctgctggcggttgacgggaaagcggtagccctgctggcagtacgcgatccgttgcgtagtgatagcgtggcggcgctgcaacgcctgcataaagcgggatatcgtctggtgatgttgaccggggata < 2:117093‑M1/150‑150 (MQ=255) cGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCACATTGCGCgggctgg < 1:119834/150‑6 (MQ=255) | CGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACC > NC_000913/509342‑509636 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |