New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1486986 = | 98 (1.120) | 7 (0.090) | 7/254 | NT | 7.4% | intergenic (+23/‑249) | hrpA/ydcF | ATP‑dependent RNA helicase HrpA/DUF218 domain‑containing protein YdcF |
? | NC_000913 | 1487021 = | 85 (1.060) | intergenic (+58/‑214) | hrpA/ydcF | ATP‑dependent RNA helicase HrpA/DUF218 domain‑containing protein YdcF |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGACGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTG > NC_000913/1486837‑1487134 | aGACGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGa < 2:177073/150‑1 (MQ=255) ggaggaaatcgtatgtccttaaccgccactccgcaagcctgacatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaataaa > 1:1052350‑M1/148‑150 (MQ=255) aCGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTAGTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaa < 1:1033083/150‑1 (MQ=255) aCGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaa > 1:969157/1‑150 (MQ=255) cGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaa > 1:503020/1‑150 (MQ=255) tGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaaaa > 1:1157223/1‑150 (MQ=255) ggaaatagtatgtccataacctccaatactcaagccagacatataattaaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaataaaaaa < 2:1057595‑M1/6‑1 (MQ=255) gAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAAc < 1:349077/150‑1 (MQ=255) aatcgtatgtccttaaccgccactccgcaagcctgacatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAAccc < 1:370896‑M1/9‑1 (MQ=255) gaTCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTa > 1:706659/1‑150 (MQ=255) gaTCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACACTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCAGGTa > 1:266643/1‑150 (MQ=255) tCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAg < 1:263472/150‑1 (MQ=255) atgatAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAgc > 1:1131658/1‑150 (MQ=255) tgatAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAgcg < 1:698563/150‑1 (MQ=255) atAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTTCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGcc > 1:1335292/1‑150 (MQ=255) atAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGcc > 1:1043997/1‑150 (MQ=255) gaagaGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCggg < 1:489196/150‑1 (MQ=255) gaagaGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCggg > 1:313447/1‑150 (MQ=255) agagTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtt > 2:6826/1‑150 (MQ=255) agagTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtt > 1:1356221/1‑150 (MQ=255) ccgcaagcctgacatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttt > 2:288960‑M1/118‑150 (MQ=255) agTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttt > 1:820654/1‑150 (MQ=255) agTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACACGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttt > 1:816330/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGttttt > 2:1003228/1‑150 (MQ=255) gcaagcctgacatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttttt > 2:407673‑M1/116‑150 (MQ=255) cgcgTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatt > 2:182429/1‑150 (MQ=255) cgcgTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatt > 2:765226/1‑150 (MQ=255) cgTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTaa > 2:137609/1‑150 (MQ=255) gttagttaCTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAAt < 1:39503/150‑1 (MQ=255) ctgacatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAAt > 1:421341‑M1/110‑150 (MQ=255) ttagttaCTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCTATGGATCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAAtt < 2:489883/150‑1 (MQ=255) acatatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCt > 2:196906‑M1/107‑150 (MQ=255) gttaCTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTa < 2:313447/150‑1 (MQ=255) catatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTaa < 2:559680‑M1/40‑1 (MQ=255) catatcttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTaa > 1:559680‑M1/106‑145 (MQ=255) aCTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTaaaa > 2:1186539/1‑150 (MQ=255) cTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAAc < 2:1335292/150‑1 (MQ=255) cGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGt < 1:613023/150‑1 (MQ=255) cTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTaa > 1:260563/1‑150 (MQ=255) tACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCa > 2:1341785/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAg > 1:1309259/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAg < 2:1403504/150‑1 (MQ=255) ccTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGaa > 2:823042/1‑150 (MQ=255) tATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTc < 1:545411/150‑1 (MQ=255) ccGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGa > 1:1129722/1‑150 (MQ=255) ccGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGa < 1:1242003/150‑1 (MQ=255) cGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGaa > 1:1057595/1‑150 (MQ=255) cGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGaa > 2:218764/1‑150 (MQ=255) 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gCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTaa < 2:1131658/150‑1 (MQ=255) tATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTaaaa > 2:370896/1‑150 (MQ=255) tATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTaaaa < 2:1067384/150‑1 (MQ=255) aTTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAg < 2:1097751/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGat < 2:1356221/150‑1 (MQ=255) tGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGata > 2:248664/1‑150 (MQ=255) cTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGt > 1:452804/1‑150 (MQ=255) tGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTc > 2:672137/1‑150 (MQ=255) gATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATATCa > 2:658804/1‑150 (MQ=255) aTAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAg > 1:249478/1‑150 (MQ=255) tAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGGTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATATACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTAAgg > 1:634758/1‑150 (MQ=255) | AGACGTGAAAGAGATCCGTTGGATGATAGAAGAGTTGCGCGTTAGTTACTTCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTG > NC_000913/1486837‑1487134 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |