| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 419210 = | 102 (1.170) | 6 (0.070) | 6/258 | NT | 6.3% | intergenic (+26/‑381) | phoR/brnQ | sensory histidine kinase PhoR/branched chain amino acid transporter BrnQ |
| ? | NC_000913 | 419234 = | 84 (1.030) | intergenic (+50/‑357) | phoR/brnQ | sensory histidine kinase PhoR/branched chain amino acid transporter BrnQ | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATCACGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGTGATTTTTTGTTCGCATGATTAGCCATGTCTTTTTCACGGAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCC > NC_000913/419087‑419383 | atcaCGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTAtttt < 2:103765/150‑1 (MQ=255)atcaCGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTAtttt > 1:1180830/1‑150 (MQ=255) tcaCGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTc > 1:334535/1‑150 (MQ=255) acaagAAAGTCTCCTGAATATTGATAGTACAGTAGGTAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTc < 1:1443130/146‑1 (MQ=255) caCGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCt > 1:265331/1‑150 (MQ=255) caCGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGATGGCTTATTTTCt > 1:204475/1‑150 (MQ=255) cGACAGTCGCCTGAATCTTGACAGTACAGAAGCAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTACTTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCAGCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCttt < 2:892750/150‑1 (MQ=255) cGAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCttt < 1:1440217/150‑1 (MQ=255) ataagaaatcaccaaccagtataaaacactatttccgtgaaaaagacatggctaatcatgcgaacaaaaaatcaccaatcgttgtaaaatctaacgcccgtattttgactgcaaagaaaATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCttt > 1:626445‑M1/120‑150 (MQ=255) gAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTg < 2:618360/150‑1 (MQ=255) gAAAGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTg < 2:68311/150‑1 (MQ=255) aaaGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGc < 2:870242/150‑1 (MQ=255) aaaGTCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGc < 1:650031/150‑1 (MQ=255) agaaatcaccaaccagtataaaacactatttccgtgaaaaagacatggctaatcatgcgaacaaaaaatcaccaatcgttgtaaaatctaacgcccgtattttgactgcaaagaaaATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCa > 2:859670‑M1/117‑150 (MQ=255) tCGCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTc < 2:438634/150‑1 (MQ=255) gCCTGAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCaa < 1:933166/150‑1 (MQ=255) gAATATTGAGAGTACAGTAGGAAAACGAACACGTATCAGTTTTGTTATCCCGCAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATa > 2:330809/1‑150 (MQ=255) atTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACggg < 1:606258/150‑1 (MQ=255) atTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACggg > 1:1385012/1‑150 (MQ=255) atTGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACggg < 2:1075659/150‑1 (MQ=255) ttGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGc > 1:996049/1‑150 (MQ=255) ttGAGAGTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGc > 2:1048148/1‑150 (MQ=255) gagTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTa > 2:261732/1‑150 (MQ=255) gTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGc < 1:240283/144‑1 (MQ=255) gTACAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGc > 2:240283/1‑144 (MQ=255) cAGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGAttt > 2:982202/1‑150 (MQ=255) actatttccgtgaaaaagacatggctaatcatgcgaacaaaaaatcaccaatcgttgtaaaatctaacgcccgtattttgactgcaaagaaaATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGAtttt > 1:1090618‑M1/93‑150 (MQ=255) aGTAGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGCTAGAtttt < 2:446312/150‑1 (MQ=255) aGGAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACa > 2:157250/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACaa > 2:585974/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACaa > 2:310292/1‑150 (MQ=255) ttccgtgaaaaagacatggctaagcatgcgaacaaaaaatccccaatcgttgtaaaatctaccgcccgtattttgactgcaaagaaaATAAGCCAGTCGATGCGGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAAc > 2:1363234‑M1/88‑150 (MQ=255) gAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAAc > 2:1269735/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAAc > 2:1041549/1‑150 (MQ=255) aaaaGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATACGCCTTTCTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTATACAACg > 2:913848/1‑150 (MQ=255) aaGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGAt > 2:460034/1‑150 (MQ=255) aGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGAtt > 2:1357546/1‑150 (MQ=255) ggAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTg > 2:1282064/1‑150 (MQ=255) gaaaaagacatggctaatcatgcgaacaaaaaatcaccaatcgttgtaaaatctaacgcccgtattttgactgcaaagaaaataagccagcatcgactggcttatGTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTCCCACGGTTgg > 2:564388‑M2/106‑150 (MQ=255) aaaaagacatggctaatcatgcgaacaaaaaatcaccaatcgttgtaaaatctaacgcccgtattttgactgcaaagaaaATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGt > 2:555218‑M1/81‑150 (MQ=255) cGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGTGAtt > 1:400661/1‑150 (MQ=255) gTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGTGAttt < 1:1100992/150‑1 (MQ=255) ttCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGTGAttttt < 1:483194/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |