Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,653,698 | A→T | 7.6% | intergenic (+359/‑157) | sseA → / → ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/small regulatory RNA RyfA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,653,698 | 0 | A | T | 7.6% | 312.9 / 11.5 | 105 | intergenic (+359/‑157) | sseA/ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/small regulatory RNA RyfA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/53); new base T (5/3); total (48/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTA > NC_000913/2653551‑2653845 | ttCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAgg > 1:950198/1‑150 (MQ=255) aataaaataaCCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGttt > 2:818279/1‑150 (MQ=255) ataaaataaCCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGtttt < 2:347803/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |