| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,675,602 | T→C | 6.9% | T54A (ACA→GCA) ‡ | yphC ← | putative zinc‑binding dehydrogenase YphC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,675,602 | 0 | T | C | 6.9% | 212.8 / 5.4 | 72 | T54A (ACA→GCA) ‡ | yphC | putative zinc‑binding dehydrogenase YphC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/36); new base C (3/2); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
CAAAAACCACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCT > NC_000913/2675454‑2675744 | cAAAAACCACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtgtg > 1:244072/1‑150 (MQ=255) aaaaCCACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGc < 2:40342/150‑1 (MQ=255) aaaCCACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCa > 2:330476/1‑150 (MQ=255) ccACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACgg > 2:1243342/1‑150 (MQ=255) ccACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCACAGCGGCGGCAccc < 1:1361779/150‑3 (MQ=255) ccACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCACAGCGGCGGCAccc < 2:124499/150‑3 (MQ=255) caGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGgtgt < 2:1082347/150‑1 (MQ=255) gCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtg < 2:352526/150‑1 (MQ=255) ccAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtga > 1:883408/1‑150 (MQ=255) cAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGCAGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACCATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGTTTTATCGTGTTCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgat < 2:897588/150‑1 (MQ=255) aGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 1:805013/150‑1 (MQ=255) aTGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag > 2:57382/1‑150 (MQ=255) aTGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 2:457434/150‑1 (MQ=255) aTGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 1:899622/150‑1 (MQ=255) aTGTGAAACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACATTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 2:1012022/150‑1 (MQ=255) tgtgATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgataga < 1:783946/150‑1 (MQ=255) aTACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAtata > 2:199491/1‑150 (MQ=255) tACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAg < 1:270012/150‑1 (MQ=255) tACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAg < 2:958064/150‑1 (MQ=255) cacCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTg > 2:1365816/1‑150 (MQ=255) cacCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTg > 2:251607/1‑150 (MQ=255) ccAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGGGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGa < 2:1018849/150‑1 (MQ=255) cAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGAc > 2:294747/1‑150 (MQ=255) aCGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCg < 1:1536531/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 1:1131038/150‑1 (MQ=255) cccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaa > 2:692194/1‑150 (MQ=255) ctctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAAt < 1:330476/150‑1 (MQ=255) tctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATc < 1:708635/150‑1 (MQ=255) 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cGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTg < 1:1206820/150‑1 (MQ=255) cGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTg < 1:919700/150‑1 (MQ=255) ccACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGt < 1:251607/150‑1 (MQ=255) acaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTa < 2:244072/150‑1 (MQ=255) aTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATc < 2:1068976/150‑1 (MQ=255) tCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATcc < 1:56939/150‑1 (MQ=255) gCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCg > 2:396218/1‑150 (MQ=255) gCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGCGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCg > 2:701401/1‑150 (MQ=255) cccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTg > 1:406751/1‑138 (MQ=255) cccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTg < 2:406751/138‑1 (MQ=255) cGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCgg < 2:537914/150‑1 (MQ=255) ggTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGc < 1:294747/150‑1 (MQ=255) gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCa > 1:61410/1‑150 (MQ=255) tCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCAcc < 1:309233/150‑1 (MQ=255) aTGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGc > 2:513202/1‑150 (MQ=255) tGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCa > 1:372366/1‑150 (MQ=255) ccGTTGTTAAAGCCCTGGTATAACTGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGAGATCGCTTCCGCAAATCCCTGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCTGCTTCGGCACCGCAACt < 2:16170/150‑1 (MQ=255) ttGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGAACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTcc < 1:257535/150‑1 (MQ=255) tGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTccc < 1:274291/150‑1 (MQ=255) gATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCg > 1:1306347/1‑150 (MQ=255) 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ataACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCg > 1:737504/1‑150 (MQ=255) ataACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCg > 1:743004/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGaa > 2:98302/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTATCGGGTGCAGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGaa > 2:412069/1‑150 (MQ=255) caacaccgTGCCACAGCGGCGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCt > 2:340065/8‑150 (MQ=255) acaccgTGCCACAGCGGCGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTgg > 1:935415/6‑150 (MQ=255) acaccgTGCCACAGCGGCGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTgg > 1:479849/6‑150 (MQ=255) gggTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTaa > 2:1304065/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATa > 1:997069/1‑150 (MQ=255) gccgcTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCt < 2:883408/150‑1 (MQ=255) | CAAAAACCACAGCCAGAAATGTGATACACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCT > NC_000913/2675454‑2675744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |