Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,735,491 | A→T | 5.2% | V174E (GTG→GAG) | rluD ← | 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,735,491 | 0 | A | T | 5.2% | 225.4 / 3.2 | 77 | V174E (GTG→GAG) | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/33); new base T (2/2); total (42/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
GACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATG > NC_000913/2735342‑2735637 | gACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCa > 1:1032405/1‑150 (MQ=255) aCGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCAc < 2:641207/150‑1 (MQ=255) cgcgTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCAcc > 1:1100006/1‑150 (MQ=255) cgcgTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCAcc < 2:1118053/150‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCtt > 1:167117/1‑150 (MQ=255) gtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTc > 2:708453/1‑150 (MQ=255) gCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCAt < 2:167117/150‑1 (MQ=255) cacaCGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATa > 1:645097/1‑150 (MQ=255) cGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCa > 1:748797/1‑150 (MQ=255) gAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACg < 1:1390542/150‑1 (MQ=255) aGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGGCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAg < 1:129934/150‑1 (MQ=255) gtgtTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGt > 1:1263558/1‑150 (MQ=255) gtgtTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGt > 1:1268921/1‑150 (MQ=255) tCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAAtt > 1:315117/1‑150 (MQ=255) ccATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCTCCGCTTCATACTCACGAGTAAttt > 2:690814/1‑150 (MQ=255) ccATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCTCCGCTTCATACTCACGAGTAAttt > 2:696383/1‑150 (MQ=255) gatgCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCGCATCGGATGCACCGCAATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGATACTGATTGGCGCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg < 1:459635/150‑1 (MQ=255) atgCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGc < 1:197864/150‑1 (MQ=255) ttAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTg < 2:1490847/149‑1 (MQ=255) aTAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTg < 2:2168/150‑1 (MQ=255) gTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCaa > 2:1376063/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGa > 2:131070/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGa > 1:629736/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGAc < 1:505296/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACt > 1:72479/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAAc < 1:86391/150‑1 (MQ=255) tttGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAAcg < 1:1518906/150‑1 (MQ=255) gCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGt > 1:536361/1‑150 (MQ=255) ggATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGcc < 1:1317389/150‑1 (MQ=255) gATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCg > 2:16495/1‑150 (MQ=255) gATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCg > 2:326058/1‑150 (MQ=255) aTGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCgg < 2:123069/150‑1 (MQ=255) tGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGAGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCTTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGa > 2:234191/1‑150 (MQ=255) cACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAAc > 1:170036/1‑150 (MQ=255) aCCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACg > 1:91924/1‑150 (MQ=255) tatGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCg < 2:906785/138‑1 (MQ=255) tatGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCg > 1:906785/1‑138 (MQ=255) tatGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTg < 2:1032405/150‑1 (MQ=255) atGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGc < 1:1376063/150‑1 (MQ=255) ggTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATGTGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCcac > 1:1279856/1‑150 (MQ=255) cGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAAcc < 2:645097/150‑1 (MQ=255) gTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCa > 1:1402562/1‑150 (MQ=255) gTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCa > 2:826032/1‑150 (MQ=255) gTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCa < 1:425931/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATc < 2:170036/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAg < 1:1156193/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAg < 2:1416438/150‑1 (MQ=255) gTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAgg > 1:971654/1‑150 (MQ=255) 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gTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCAcgc > 1:1029864/1‑150 (MQ=255) atatGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGt < 2:914715/150‑1 (MQ=255) atatGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGt > 1:624530/1‑150 (MQ=255) tGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTg > 1:596094/1‑88 (MQ=255) tGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTg < 2:596094/88‑1 (MQ=255) ccAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAcccattgccgatgtaccgcgtgcgggcatcgt > 1:931950‑M1/1‑118 (MQ=255) ccAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCg > 1:832009/1‑150 (MQ=255) cAATCGCCAACGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCgg > 2:935844/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGc < 2:536361/150‑1 (MQ=255) aaTCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTA < 1:1206989‑M1/112‑1 (MQ=255) aaTCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTA > 2:1206989‑M1/1‑112 (MQ=255) aTCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCa < 1:708453/150‑1 (MQ=255) gCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATg > 2:1158987/1‑150 (MQ=255) gCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATg > 2:517964/1‑150 (MQ=255) | GACGCGTGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGCCATATGGGTACGTTTGGTCGGGTGGCGACTGATTGGCTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACGCCGTTGCAAAGATTCGACTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTTTATCCAGACGATGGACGATGCCCGCACGCGGTACATCGGCAATG > NC_000913/2735342‑2735637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |