Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,760,589 | C→A | 7.0% | R15R (CGG→AGG) | yfjJ → | CP4‑57 prophage; protein YfjJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,760,589 | 0 | C | A | 7.0% | 579.6 / 20.4 | 172 | R15R (CGG→AGG) | yfjJ | CP4‑57 prophage; protein YfjJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/88); new base A (9/3); total (81/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TCTAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGCTATATCTCGC > NC_000913/2760441‑2760738 | tctAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg > 2:82822/1‑150 (MQ=255) ctAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCgg > 1:341629/1‑150 (MQ=255) cccAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACAGATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAg < 1:581671/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |