Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,761,620 | T→G | 6.3% | K641Q (AAG→CAG) | abpB ← | CP4‑57 prophage; putative helicase YfjK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,761,620 | 0 | T | G | 6.3% | 295.6 / 10.2 | 95 | K641Q (AAG→CAG) | abpB | CP4‑57 prophage; putative helicase YfjK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/53); new base G (3/3); total (39/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 |
GTCGGAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTTAGGTAGGGTATAGCCGAAGGTATTGGTTATGAGCTTCAAATCATTGTTGAGGGCAATGGAAAGAGTACGTTTCTCCCCTTCAGAAATCCACTGTCGTGCATA > NC_000913/2761471‑2761767 | gtcgGAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCtt > 2:990143/1‑150 (MQ=255) gtcgGAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCtt > 2:798327/1‑150 (MQ=255) cgGAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTa < 1:1319295/150‑1 (MQ=255) ggAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTAc > 2:1054058/1‑150 (MQ=255) aaaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAg < 1:720521/150‑1 (MQ=255) aaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCg < 2:912450/150‑1 (MQ=255) aTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCgt > 1:313531/1‑150 (MQ=255) ccAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCgtggt > 2:1029720/1‑150 (MQ=255) cAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCgtggtg < 2:1427286/150‑1 (MQ=255) aGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTGTAAAGCgtggtat < 2:174996/150‑3 (MQ=255) aaGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTa < 2:663131/150‑1 (MQ=255) aGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTaa < 2:1303825/150‑1 (MQ=255) aGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTGTAAAGCgtggtatacgc < 2:42024/150‑7 (MQ=255) cTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTa < 2:1361790/150‑1 (MQ=255) tACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTAc > 1:815467/1‑150 (MQ=255) aCCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACa < 2:1504726/150‑1 (MQ=255) aCCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACa > 2:1344629/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACAtcct < 2:382554/150‑1 (MQ=255) 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ggAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTta < 1:515075/150‑1 (MQ=255) gAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTtag < 2:465981/150‑1 (MQ=255) aaTGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGCGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTtagg > 2:252957/1‑150 (MQ=255) gCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTtaggtag > 2:922906/1‑150 (MQ=255) gCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTtaggtag > 2:272761/1‑150 (MQ=255) 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tcttctAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCtt > 1:527235/1‑137 (MQ=255) tcttctAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCtt < 2:527235/137‑1 (MQ=255) tctAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTTAGGTAGGGTATAGCCg > 1:66092/1‑150 (MQ=255) tctAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTTAGGTAGGGTATAGCCg > 1:957170/1‑150 (MQ=255) ctAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTTAGGTAGGGTATAGCCGa < 1:120202/150‑1 (MQ=255) 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GTCGGAAAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCATTGACACCTGGTGGTAGATGGAAACTTTCGAACGCCAATTTGACATGTGTGTAATCGACTTTGCTGCGTATACCACGCTTTACAGCGTGGTGTTTAACTACATCCTCCATCAAGCTGAGCACCTTAGGTAGGGTATAGCCGAAGGTATTGGTTATGAGCTTCAAATCATTGTTGAGGGCAATGGAAAGAGTACGTTTCTCCCCTTCAGAAATCCACTGTCGTGCATA > NC_000913/2761471‑2761767 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |