| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,780,533 | T→C | 5.2% | K732E (AAA→GAA) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,780,533 | 0 | T | C | 5.2% | 240.2 / 2.5 | 77 | K732E (AAA→GAA) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/36); new base C (2/2); total (39/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
CGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGG > NC_000913/2780386‑2780679 | cgccATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTtct < 1:956841/150‑1 (MQ=255) gccATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTtctc < 1:197495/150‑1 (MQ=255) ccATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTcc > 1:465011/1‑150 (MQ=255) ggcagcagGATATTGTTCGCCGCAGCCTGGTGGATGCTGATCGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAAGCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCGGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGctca < 2:120389/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGcaca < 2:114812/150‑1 (MQ=255) gcagGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGa > 1:836875/1‑150 (MQ=255) agGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAgt < 1:684783/150‑1 (MQ=255) agGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAgt < 1:468956/150‑1 (MQ=255) ggATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAgtg > 1:1312261/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTgccgcc > 1:121294/1‑150 (MQ=255) gccgcACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTGCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAACGCGCCCTGGCTACTCTGCGGTCTCCCCGTTGCGCGGCCTTTCTCCCGCACCTCGCGTGTGCCGCCGTcg > 2:1520529/1‑149 (MQ=255) gcACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTa < 1:910183/150‑1 (MQ=255) cACCCTGCGCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGGGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTaa < 2:722173/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCa < 2:153683/150‑1 (MQ=255) gCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTCGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCg > 1:147004/1‑150 (MQ=255) tCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGCCCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCCCagag > 1:1167949/1‑150 (MQ=255) tCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAg < 2:919499/150‑1 (MQ=255) cGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGt > 1:1257768/1‑150 (MQ=255) aTGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGttt < 1:1118882/150‑1 (MQ=255) cTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCa < 2:121294/150‑1 (MQ=255) tGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAg < 1:1168998/150‑1 (MQ=255) tGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAg < 1:640884/150‑1 (MQ=255) tGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTACTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAg > 2:659011/1‑150 (MQ=255) gAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGc < 2:234354/150‑1 (MQ=255) gAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGc > 1:325178/1‑150 (MQ=255) cgACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGgc > 1:188509/1‑150 (MQ=255) cgACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGgc < 2:928594/150‑1 (MQ=255) cATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCt > 1:258038/1‑150 (MQ=255) aTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTc < 1:1363206/150‑1 (MQ=255) cgcgcgTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGGTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCAtt < 2:160190/150‑1 (MQ=255) gcgcgTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTa < 1:1481670/150‑1 (MQ=255) cgcgTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTaa < 2:1257768/150‑1 (MQ=255) gcgTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCACACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAAc < 1:607482/150‑1 (MQ=255) ccTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCtgt > 2:987239/1‑150 (MQ=255) ccTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCCAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCtgt > 2:114515/1‑150 (MQ=255) gACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTCCTCCCGCACATCGAGTGTACCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAAcc > 2:1427482/1‑150 (MQ=255) gACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTCCTCCCGCACATCGAGTGTACCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAAcc > 2:1422182/1‑150 (MQ=255) cccGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAAcccc > 1:1529523/1‑150 (MQ=255) ccGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAAccccc > 1:622046/1‑150 (MQ=255) cGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATtaat > 2:135175/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTaataat > 1:401772/1‑150 (MQ=255) tggtggTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATgg > 2:11272/1‑150 (MQ=255) ggtTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAAcc > 1:1392609/1‑150 (MQ=255) 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cTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGc > 2:881514/1‑150 (MQ=255) tGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGcc < 2:258038/150‑1 (MQ=255) gCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCAt < 2:465011/150‑1 (MQ=255) tACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATaa > 1:994781/1‑150 (MQ=255) aCTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGGCGTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAAGCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAAt < 1:800164/150‑1 (MQ=255) aCTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAAt > 1:611833/1‑150 (MQ=255) ctctGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAAtt > 2:336060/1‑150 (MQ=255) gctgTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATttgtt > 1:740093/1‑150 (MQ=255) tgTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTtgttgt > 2:1274836/1‑150 (MQ=255) tATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAg < 1:457732/150‑1 (MQ=255) 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ccGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCag < 1:1482170/150‑1 (MQ=255) cgcTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTCCCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGa > 1:985192/1‑150 (MQ=255) gcTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAgaga < 2:722766/146‑1 (MQ=255) gcTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAgaga > 1:722766/1‑146 (MQ=255) gcTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGat > 1:314947/1‑150 (MQ=255) cTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCgg < 2:1312261/150‑1 (MQ=255) | CGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGG > NC_000913/2780386‑2780679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |