Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,788,676 | A→T | 6.7% | intergenic (+27/‑309) | ygaQ → / → csiD | putative uncharacterized protein YgaQ/PF08943 family protein CsiD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,788,676 | 0 | A | T | 6.7% | 455.4 / 17.1 | 149 | intergenic (+27/‑309) | ygaQ/csiD | putative uncharacterized protein YgaQ/PF08943 family protein CsiD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/69); new base T (2/8); total (71/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAAT > NC_000913/2788528‑2788825 | aaaTTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAAc < 2:824305/150‑1 (MQ=255) aTTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACgg < 2:1525451/150‑1 (MQ=255) ttATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACggg < 1:620826/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |