| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,838,222 | A→T | 8.0% | intergenic (‑117/+32) | hydN ← / ← ascG | putative electron transport protein HydN/DNA‑binding transcriptional repressor AscG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,838,222 | 0 | A | T | 8.0% | 260.9 / 10.9 | 88 | intergenic (‑117/+32) | hydN/ascG | putative electron transport protein HydN/DNA‑binding transcriptional repressor AscG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/40); new base T (3/4); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
TTACTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCTGAAT > NC_000913/2838074‑2838370 | ttACTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTATGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGac < 2:55941/150‑1 (MQ=255)ttACTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGac < 1:817179/150‑1 (MQ=255) cTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACt > 1:162291/1‑150 (MQ=255) 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gTCATCGTCACTAGTGTCGATGACATGTGGTGACAAAGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAAtttg > 2:291452/1‑149 (MQ=255) tCATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTcc < 2:1229254/150‑1 (MQ=255) cATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCt > 1:1451069/1‑150 (MQ=255) cATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCt < 2:265628/150‑1 (MQ=255) aTCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAGTTTCCTg > 1:551275/1‑150 (MQ=255) gACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCTGAat < 1:46479/150‑1 (MQ=255) | TTACTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCTGAAT > NC_000913/2838074‑2838370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |