| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,911,009 | T→C | 8.8% | H28R (CAT→CGT) ‡ | mazF ← | endoribonuclease toxin MazF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,911,009 | 0 | T | C | 8.8% | 262.9 / 12.8 | 93 | H28R (CAT→CGT) ‡ | mazF | endoribonuclease toxin MazF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/47); new base C (3/5); total (41/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
CCTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGATGT > NC_000913/2910860‑2911158 | ccTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGAt > 2:313790/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGt > 1:238868/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGt < 1:714328/150‑1 (MQ=255) 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acTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCg < 1:621328/117‑1 (MQ=255) acTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCg > 2:621328/1‑117 (MQ=255) cTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCa < 1:1187274/150‑1 (MQ=255) ggATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGccc < 2:837585/150‑1 (MQ=255) tatatCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATGAACCCAAATCAGATCGCCCa < 2:286961/149‑1 (MQ=255) gATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCa < 1:1136926/150‑1 (MQ=255) 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cAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTgg > 2:1333894/1‑150 (MQ=255) aGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGa < 2:931210/150‑1 (MQ=255) ggACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAg < 2:890818/150‑1 (MQ=255) gACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAgg > 1:291802/1‑150 (MQ=255) gagcaaGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGt > 1:615934/6‑150 (MQ=255) acaacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGt > 2:109289/1‑150 (MQ=255) caacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATtctc < 1:67627/141‑1 (MQ=255) caacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGtt > 2:866043/1‑150 (MQ=255) caacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTAGGCTCTCCCCAGTCGATATtctc > 2:67627/1‑141 (MQ=255) caaGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGtttt > 2:983425/3‑150 (MQ=255) caGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTc < 2:130020/150‑1 (MQ=255) aGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTcc > 2:1388208/1‑150 (MQ=255) gCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCg > 2:664936/1‑150 (MQ=255) gCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCg > 1:169237/1‑150 (MQ=255) cTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCgg < 1:988161/150‑1 (MQ=255) ggACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg > 2:618805/1‑150 (MQ=255) ggACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg < 1:1228802/150‑1 (MQ=255) gACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGt < 1:925781/150‑1 (MQ=255) cGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGa > 2:511455/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGATGt > 2:990419/1‑150 (MQ=255) | CCTGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGATGT > NC_000913/2910860‑2911158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |