| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,082,702 | A→C | 6.0% | intergenic (+31/+175) | loiP → / ← speB | metalloprotease LoiP/agmatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,082,702 | 0 | A | C | 6.0% | 251.0 / 7.7 | 83 | intergenic (+31/+175) | loiP/speB | metalloprotease LoiP/agmatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/39); new base C (2/3); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
TTGAAAAACTGGCAAAACTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGT > NC_000913/3082553‑3082849 | ttGAAAAACTGGCAAAACTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATaa > 1:781739/1‑150 (MQ=255) tGAAAAACTGGCAAAACTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAg > 1:445859/1‑150 (MQ=255) gAAAAACTGGCAAAACTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAgg > 1:548724/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATc < 1:1492215/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATc > 1:1423482/1‑150 (MQ=255) ggAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATGCGGCGTGAACGCCTTATCTg < 1:12875/150‑1 (MQ=255) ggAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTg < 1:1132239/150‑1 (MQ=255) ggAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTg > 1:1164984/1‑150 (MQ=255) gaagaaGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGa < 2:769617/150‑1 (MQ=255) aagaagGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATGCGGCGTGAACGCCTTATCTGAc < 2:617341/150‑1 (MQ=255) aagaagGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGAc < 2:1249120/150‑1 (MQ=255) aagaagGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGAc < 2:1224936/150‑1 (MQ=255) agGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATGCGGCGTGAACGCCTTATCTGAcctac < 1:1363843/150‑5 (MQ=255) agGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGa > 1:1294653/1‑150 (MQ=255) agGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGa > 1:421253/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGaa < 1:974157/150‑1 (MQ=255) gTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAAGGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAACGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAAt < 1:1130554/150‑1 (MQ=255) cGCCTAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCGGCCGAACGCGCCCACCATATTCGCGATCTCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATgg < 2:981517/150‑1 (MQ=255) 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ggTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGTCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAAt > 2:471462/1‑150 (MQ=255) ggTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAAt > 1:470773/1‑150 (MQ=255) ggTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAAt > 2:76375/1‑150 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACTCCGCATCCGACATTAATgg > 1:937423/1‑150 (MQ=255) tAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGt > 2:807169/1‑150 (MQ=255) tAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGt > 2:117303/1‑150 (MQ=255) | TTGAAAAACTGGCAAAACTGGAAGAAGGTCGCCAAAGCTCAATGTTTGACGACCATCCTGCATCCGCCGAACGCGCCCAGCATATTCGCGATCGCATGAGCGCGGATGGGATTAAGTAAAGCCTGGTGGTGTCGAACGTAGGTCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGT > NC_000913/3082553‑3082849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |