Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,192,132 | T→A | 5.7% | intergenic (‑193/‑76) | glgS ← / → yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,192,132 | 0 | T | A | 5.7% | 1080.8 / 33.4 | 331 | intergenic (‑193/‑76) | glgS/yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (156/156); new base A (3/16); total (159/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACTATTACAAAGTAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGATATATGATTTTATTCGCCGACTATAACACCCCTTATCTTTTCGCTATTTCCTTTGTACTGTTGATCGGCCTGTTAG > NC_000913/3191984‑3192280 | ttttCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttattatt < 2:1360630/150‑1 (MQ=255) ttttCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttattatt < 1:881102/150‑1 (MQ=255) ttttCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttattatt < 1:1307246/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |