| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,202,018 | G→C | 5.1% | G43A (GGC→GCC) | cca → | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,018 | 0 | G | C | 5.1% | 267.5 / 4.3 | 79 | G43A (GGC→GCC) | cca | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/30); new base C (2/2); total (47/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
TATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGCGTCGCGATC > NC_000913/3201869‑3202167 | tATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAgg < 1:1090419/150‑1 (MQ=255) tttGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGcc > 2:516426/1‑150 (MQ=255) tttGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGCCTACCAGCAGGTAGGcc > 2:405193/1‑150 (MQ=255) 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atgGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTgtgt > 1:128747/1‑150 (MQ=255) gCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTc < 1:421599/150‑1 (MQ=255) gTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTg < 1:1119919/150‑1 (MQ=255) tGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGc < 2:128747/150‑1 (MQ=255) aaGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCAt < 2:1467162/150‑1 (MQ=255) 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cATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTa > 2:1037160/1‑150 (MQ=255) ttGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTAcc < 2:19029/150‑1 (MQ=255) tGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCg > 1:762265/1‑150 (MQ=255) gTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGa > 2:1144618/1‑150 (MQ=255) gggCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACgg > 2:1533884/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |