| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,420,658 | A→T | 5.3% | S175S (TCA→TCT) | yhdX → | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,420,658 | 0 | A | T | 5.3% | 311.3 / 3.7 | 101 | S175S (TCA→TCT) | yhdX | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/50); new base T (2/4); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGAT > NC_000913/3420516‑3420804 | ttGAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGc < 2:945938/150‑1 (MQ=255)ttGAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGc > 2:1366162/1‑150 (MQ=255) tGAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCt < 1:590068/150‑1 (MQ=255) gagaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg < 2:1435084/150‑1 (MQ=255) agaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTCTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑g < 2:804115/150‑1 (MQ=255) taTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 2:204912/149‑1 (MQ=255) gaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 1:1043703/150‑1 (MQ=255) gaTCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTg‑gg < 1:156427/150‑1 (MQ=255) tCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑Ggag > 1:627094/1‑150 (MQ=255) gcGTAATTTTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCTGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACgg < 2:1084444/149‑1 (MQ=255) gTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaa < 1:1344152/150‑2 (MQ=255) gTAATATTCCCCCCCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACAACGACAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGACTTTTTGAGCAATCGTTGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGAt > 2:1231132/1‑150 (MQ=255) tAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaat < 1:745105/150‑3 (MQ=255) atatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTa < 1:541737/150‑1 (MQ=255) tatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCTCC‑CAGCTGCGGTGACGGaatata < 1:1266776/150‑6 (MQ=255) tatTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTAt > 1:1526692/1‑150 (MQ=255) ccccGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGt > 2:767100/1‑150 (MQ=255) ccccGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTCCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGACACGGATTTATTGCGt > 2:1122524/1‑150 (MQ=255) 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tcttcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCtgttg < 2:607360/150‑1 (MQ=255) tcttcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCtgttg < 1:15976/150‑1 (MQ=255) ttcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGG‑CTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTa < 1:463678/150‑1 (MQ=255) tcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTa > 2:265585/1‑150 (MQ=255) tcttctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTa < 1:442547/150‑1 (MQ=255) tctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATgg > 1:928941/1‑150 (MQ=255) ctGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGc < 1:1331108/150‑1 (MQ=255) tGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCt > 1:936652/1‑150 (MQ=255) tGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCt < 1:918551/150‑1 (MQ=255) ggTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCta > 1:1006711/1‑150 (MQ=255) 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TTGAGATCTTCCGTAATATTCCCCCGCTGCTGCAAATCTTCTTCTGGTACTTTGCCGTGTTGCGCAATTTGCCCGGACCACGCCAGGCTGTGAGCGCGTTTGATCTGGCCTTTTTGAGCAATCGTGGGCTTTATATTCCGTCACCGCAGCTG‑GGAGACGGATTTATTGCGTTTATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGAT > NC_000913/3420516‑3420804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |