Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,599,760 | T→G | 6.5% | intergenic (‑102/+169) | livJ ← / ← rpoH | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein/RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,599,760 | 0 | T | G | 6.5% | 392.9 / 16.0 | 124 | intergenic (‑102/+169) | livJ/rpoH | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein/RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/67); new base G (4/4); total (53/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAGGGT > NC_000913/3599612‑3599908 | gCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATActc > 1:935425/1‑150 (MQ=255) aGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGc < 1:1455982/150‑1 (MQ=255) gcgcGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCt > 2:445157/1‑150 (MQ=255) gATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACACGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTaaaa > 1:1405929/1‑150 (MQ=255) aTACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAAc < 2:1134079/150‑1 (MQ=255) tACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACa < 1:216438/150‑1 (MQ=255) tACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACa < 1:1295763/150‑1 (MQ=255) aCATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGAGTATGCTGCTAAAGCac < 2:28342/150‑2 (MQ=255) 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tAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTa < 1:1303417/150‑1 (MQ=255) tAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTa < 1:1283243/150‑1 (MQ=255) tAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTa < 1:1288558/150‑1 (MQ=255) aaCGCTTTACCCTTTACGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTGGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTAt < 1:1208385/150‑1 (MQ=255) aCGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATg > 1:730340/1‑150 (MQ=255) gCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGat > 2:292725/1‑150 (MQ=255) gCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGat > 1:234421/1‑150 (MQ=255) cTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGata < 1:1405553/150‑1 (MQ=255) tACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTg > 2:1503755/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTgg > 1:737960/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTgg < 1:201359/150‑1 (MQ=255) cccTTTATGTTCATCCTGATAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGa < 1:473857/150‑1 (MQ=255) cccTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGa > 2:782534/1‑150 (MQ=255) cccTTTATGTTCATCCTGAGAATCACCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGa < 1:1008117/150‑1 (MQ=255) ccTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGaa > 2:721669/1‑150 (MQ=255) ccTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGaa > 2:674713/1‑150 (MQ=255) tttATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATa < 1:891124/150‑1 (MQ=255) ttATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAg < 1:849311/150‑1 (MQ=255) caTGGTCATCCTCAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTGTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGc < 2:31805/149‑1 (MQ=255) aTGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGTTTTAGCAGAGTATGCTGCTAAAGCacg > 2:1146087/1‑121 (MQ=38) aTGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGTTTTAGCAGAGTATGCTGCTAAAGCacg < 1:1146087/123‑3 (MQ=38) ttCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTAtt < 1:1349032/150‑1 (MQ=255) tCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTAttt < 2:935425/150‑1 (MQ=255) cATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTAtttt < 1:1045821/150‑1 (MQ=255) atgcTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTg < 2:321775/147‑1 (MQ=255) aTCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTg < 1:764818/150‑1 (MQ=255) 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ttgttTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAgg > 1:1474611/1‑150 (MQ=255) tgttTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAggg < 1:710023/150‑1 (MQ=255) tgttTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAggg > 2:1485949/1‑150 (MQ=255) tgttTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAggg > 2:691578/1‑150 (MQ=255) gttTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAgggg > 1:931344/1‑150 (MQ=255) 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cACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGatt < 2:1116728/150‑1 (MQ=255) aTTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACa > 2:275013/1‑150 (MQ=255) aTTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACa > 1:1006311/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGatta < 1:413318/142‑1 (MQ=255) cGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAgg > 1:867220/1‑150 (MQ=255) gTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGc > 1:188939/1‑150 (MQ=255) ggtatgttttAGCAGAGTATGCTGCTAAAGCATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAAcc > 1:1004764/8‑150 (MQ=255) gTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCg > 2:328393/1‑150 (MQ=255) gTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCg < 1:1369502/150‑1 (MQ=255) tGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAaaaaacaaa < 2:1364454/142‑1 (MQ=255) ttttAGCAGAGTATGCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGAc > 1:162020/2‑150 (MQ=255) cTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCTGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGAc < 2:1040542/150‑1 (MQ=255) cTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGAc > 2:1070693/1‑150 (MQ=255) agcagcATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACtctc > 1:1316652/1‑150 (MQ=255) agcaTACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATc > 1:487631/1‑150 (MQ=255) aTACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAACAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAg < 2:1056637/150‑1 (MQ=255) tACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAgg > 1:1159456/1‑150 (MQ=255) tACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAgg > 2:953985/1‑150 (MQ=255) aCTCTTCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAggg < 1:347502/150‑1 (MQ=255) ctctGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAGGGt < 1:1439650/150‑1 (MQ=255) | GCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAGGGT > NC_000913/3599612‑3599908 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |