| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 397,281 | A→G | 6.7% | T215A (ACG→GCG) | sbmA → | peptide antibiotic/peptide nucleic acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 397,281 | 0 | A | G | 6.7% | 360.9 / 11.1 | 119 | T215A (ACG→GCG) | sbmA | peptide antibiotic/peptide nucleic acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/60); new base G (6/2); total (57/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GCTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAA > NC_000913/397132‑397430 | gCTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGa > 1:1025451/1‑150 (MQ=255) gCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGtt < 2:168161/150‑1 (MQ=255) cGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTg > 1:945988/1‑150 (MQ=255) aCAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGTCATGATGGCGTTGAta < 1:453714/150‑2 (MQ=255) aCAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATc < 1:507788/150‑1 (MQ=255) cGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGGCAGTTTTATCAACGTCATGATGGCGTTGAtaaaac < 1:1409255/150‑6 (MQ=255) gATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCtt > 1:879771/1‑150 (MQ=255) tGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTcc < 1:648894/150‑1 (MQ=255) 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aCATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTgg < 1:366634/150‑1 (MQ=255) cATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGt > 2:780577/1‑150 (MQ=255) ggCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAAc < 2:591948/150‑1 (MQ=255) ggCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAAc > 2:82832/1‑150 (MQ=255) gCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGGCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACg < 1:876604/150‑1 (MQ=255) 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GCTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAA > NC_000913/397132‑397430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |