| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,815,107 | T→A | 6.1% | intergenic (+17/+20) | slmA → / ← pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,107 | 0 | T | A | 6.1% | 259.0 / 5.4 | 82 | intergenic (+17/+20) | slmA/pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/42); new base A (3/2); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
CCCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTA > NC_000913/3814960‑3815249 | cccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACttt < 1:448026/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACTCCGGATGACtttt < 1:84481/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt < 2:511566/150‑1 (MQ=255) gctgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCAt > 1:591032/1‑150 (MQ=255) ctgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATc < 1:152461/150‑1 (MQ=255) tgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATcc > 1:640329/1‑150 (MQ=255) tgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATcc < 1:537519/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCg < 2:506779/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCg < 1:524135/150‑1 (MQ=255) ctagacAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGc < 2:1344444/145‑1 (MQ=255) cAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGc < 1:979244/150‑1 (MQ=255) ttgCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCg > 1:914786/3‑150 (MQ=255) aaGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCg < 1:858194/150‑1 (MQ=255) aaGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGGTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCg < 2:429675/150‑1 (MQ=255) aGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCgt < 1:1468867/150‑2 (MQ=255) ccAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGt > 1:1395955/1‑150 (MQ=255) cAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGtt < 1:582098/150‑1 (MQ=255) ttCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGGACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCt < 1:308651/149‑1 (MQ=255) tCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCtt < 2:914786/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCtt < 1:750276/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCTTCGGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCttt < 1:1068056/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCCAGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGTCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTa > 2:1081352/1‑150 (MQ=255) tGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTaa > 1:674822/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTaaa > 1:32985/1‑150 (MQ=255) gCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAAc < 1:1261510/150‑1 (MQ=255) tCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCa < 1:1097897/150‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAAc < 1:1099534/150‑1 (MQ=255) tgAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAAct > 2:60051/1‑150 (MQ=255) gAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAActc > 2:19465/1‑150 (MQ=255) gAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAActc > 1:124790/1‑150 (MQ=255) aTGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTcgcg < 2:1222393/150‑1 (MQ=255) gCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGAt < 2:1312829/150‑1 (MQ=255) gCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGAt > 2:822333/1‑150 (MQ=255) cTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATa > 2:172557/1‑150 (MQ=255) tGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAACTACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGCTGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAg < 2:990497/150‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCtt > 2:332060/1‑126 (MQ=255) tGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCtt < 1:332060/126‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAg < 1:1360793/150‑1 (MQ=255) aCGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCt < 1:714610/150‑1 (MQ=255) cGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACcgccgc > 1:1481264/1‑150 (MQ=255) cGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACcgccgc > 2:31737/1‑150 (MQ=255) gCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCgccgcc < 1:1032987/150‑1 (MQ=255) gCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCgccgcc < 1:60051/150‑1 (MQ=255) gCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGa > 1:461529/1‑150 (MQ=255) 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atTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTcc > 2:98835/1‑150 (MQ=255) atTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTcc > 1:692986/1‑150 (MQ=255) tGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGt > 2:247667/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTaa < 2:471563/150‑1 (MQ=255) cGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAg < 1:1430833/150‑1 (MQ=255) 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actcGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGc > 1:630030/4‑150 (MQ=255) cGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGt > 2:952247/1‑150 (MQ=255) cGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGt > 2:1292277/1‑150 (MQ=255) ccGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTg < 1:952247/150‑1 (MQ=255) ggATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTAAAGGTTCATGATAGAAATAAGTTTGCATTTTTa > 2:395144/1‑150 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |