| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,888,219 | T→A | 5.6% | intergenic (+27/‑216) | mnmE → / → tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,219 | 0 | T | A | 5.6% | 446.5 / 11.9 | 142 | intergenic (+27/‑216) | mnmE/tnaC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase GTPase subunit/tnaAB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/68); new base A (4/4); total (70/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888070‑3888368 | gCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACt < 2:831271/150‑1 (MQ=255) gAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑a < 1:1175806/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 2:425753/1‑150 (MQ=255) 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tgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgct > 2:1029787/1‑150 (MQ=255) tgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgct > 2:1326994/1‑150 (MQ=255) ggCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGgctt < 1:94140/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcg > 2:28701/1‑150 (MQ=255) aaGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcgctt < 1:1155795/150‑1 (MQ=255) 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agcGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgat > 1:1505749/3‑150 (MQ=39) agcGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgat > 1:1500498/3‑150 (MQ=39) agcGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgat > 1:369529/3‑150 (MQ=39) aCGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgatt > 2:1520999/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgatt > 2:1483390/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTAACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc > 1:1267472/1‑150 (MQ=255) gAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAAc > 2:473910/1‑138 (MQ=39) gAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAAc < 1:473910/138‑1 (MQ=39) gCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgatt > 2:894977/1‑150 (MQ=255) cGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTca > 2:1437304/1‑150 (MQ=255) gCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcac < 2:478673/150‑1 (MQ=255) cATTCTGACTGTCAG‑ATACGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca < 1:786101/150‑1 (MQ=255) ttCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCttt > 1:365499/1‑99 (MQ=255) ttCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCttt < 2:365499/99‑1 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa < 2:535538/150‑1 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa < 1:491390/150‑1 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa > 2:1259765/1‑150 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTa < 2:88442/150‑1 (MQ=255) tGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaa > 2:1430697/1‑150 (MQ=255) gACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaaa < 1:82834/150‑1 (MQ=255) cTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACa > 1:120123/1‑150 (MQ=255) tGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACaa > 1:228317/1‑150 (MQ=255) | GCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888070‑3888368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |