| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 9.6% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | putative transporter YihN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 9.6% | 296.2 / 17.0 | 104 | N42I (AAT→ATT) | yihN | putative transporter YihN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/53); new base T (3/7); total (44/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
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aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgacg > 1:812680/1‑150 (MQ=255) aTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAATTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgacga > 2:247472/1‑150 (MQ=255) | TTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTGACGA > NC_000913/4062222‑4062520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |