| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,185,314 | G→A | 5.0% | intergenic (+41/‑36) | rpoB → / → rpoC | RNA polymerase subunit beta/RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,185,314 | 0 | G | A | 5.0% | 445.9 / 9.0 | 139 | intergenic (+41/‑36) | rpoB/rpoC | RNA polymerase subunit beta/RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/68); new base A (3/4); total (66/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCGGCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGGTGAAGTT > NC_000913/4185165‑4185463 | cATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCgg < 2:256437/150‑1 (MQ=255) tCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCGGCa > 1:939949/1‑150 (MQ=255) ttGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGCCGGGTTTTAACCCGACAGc < 1:1309107/149‑1 (MQ=255) 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ggCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGGTGAAGt < 2:383363/150‑1 (MQ=255) gCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGGTGAAGtt < 2:183497/150‑1 (MQ=255) | CATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCGGCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGGTGAAGTT > NC_000913/4185165‑4185463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |