Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 458,738 | G→A | 6.8% | intergenic (+38/‑150) | clpX → / → lon | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Lon protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 458,738 | 0 | G | A | 6.8% | 312.2 / 8.5 | 102 | intergenic (+38/‑150) | clpX/lon | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Lon protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/54); new base A (2/5); total (43/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.97e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTCCATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCT > NC_000913/458589‑458887 | gTCCATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAggggg > 1:844661/1‑150 (MQ=255) tCCATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAgggggg > 1:785693/1‑150 (MQ=255) gAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTa < 2:673954/150‑1 (MQ=255) 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ggATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGctct > 1:980931/1‑150 (MQ=255) | GTCCATGGAAGACGTCGAAAAAGTGGTTATCGACGAGTCGGTAATTGATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCT > NC_000913/458589‑458887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |