| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,326,892 | A→T | 7.2% | intergenic (‑158/‑243) | yjdM ← / → crfC | conserved protein YjdM/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,326,892 | 0 | A | T | 7.2% | 481.7 / 17.1 | 152 | intergenic (‑158/‑243) | yjdM/crfC | conserved protein YjdM/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/65); new base T (7/4); total (83/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CCTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAAT > NC_000913/4326743‑4327041 | ccTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataa > 1:39351/1‑150 (MQ=255)ccTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataa > 1:281912/1‑150 (MQ=255) cTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataat > 2:1368330/1‑150 (MQ=255) aaaGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTTCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCttt > 1:39668/1‑150 (MQ=255) aaGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCtttt < 1:1261115/150‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTg < 2:840474/150‑1 (MQ=255) cagcagGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGAGGACGATCGTTTTCATTTGAAAGTAAACGCAAAAAGATTATTTTCTTTTTGcg < 2:988075/150‑2 (MQ=255) aagcagGGCAAAATCGCCAAAAAACGGAAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGTGGTACTTCTGATTTTAGACGACGATCTTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGcc < 2:1103805/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |