| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 485,720 | A→G | 5.7% | intergenic (‑101/‑41) | acrA ← / → acrR | multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrA/DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 485,720 | 0 | A | G | 5.7% | 320.3 / 5.6 | 104 | intergenic (‑101/‑41) | acrA/acrR | multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrA/DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/44); new base G (3/3); total (57/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGCCTGTAAATTCACGAACATATGGCACGAAAAACCAAACAAGAAGCGCAAGAAACGCGCCAACACATCCTCGATGTGGCTCTACGTCTTTTCTCACAGCAGGGGGTATCATCCACCTCGCTGGGCGAG > NC_000913/485571‑485868 | agagCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTca < 1:1421262/150‑1 (MQ=255) gagCATCAGAACGACCGCCATAGGCGTAAACCCTATTTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTAAAAAGTTAATAAAACAATTGCTGAGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTAAATAAATTcaa > 2:40018/1‑149 (MQ=255) agCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTcaca < 1:1107844/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |