Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 8.6% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 8.6% | 339.8 / 15.2 | 115 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/57); new base A (6/4); total (54/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAA > NC_000913/4335507‑4335803 | cAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTc > 2:537201/1‑150 (MQ=255) cAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTc > 1:1481344/1‑150 (MQ=255) gATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgg < 2:376032/150‑1 (MQ=255) 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taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa < 1:948311/150‑1 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa > 1:787535/1‑150 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGATAGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa > 1:1340657/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAt > 1:386949/1‑150 (MQ=255) aaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg > 1:1447020/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |