| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,501,908 | C→T | 9.1% | intergenic (+319/+195) | yjgZ → / ← insG | KpLE2 phage‑like element; uncharacterized protein YjgZ/KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,501,908 | 0 | C | T | 9.1% | 289.0 / 14.0 | 100 | intergenic (+319/+195) | yjgZ/insG | KpLE2 phage‑like element; uncharacterized protein YjgZ/KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/39); new base T (5/4); total (56/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
GTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAG > NC_000913/4501760‑4502055 | gTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCa < 2:1226922/150‑1 (MQ=255) tACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCaa < 1:890325/150‑1 (MQ=255) aCCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAAc > 1:1184562/1‑150 (MQ=255) 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aCATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCa < 2:817508/150‑1 (MQ=255) tAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGAt > 2:191241/1‑150 (MQ=255) caGCCAGTTGCGTATCTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGAt > 2:800133/2‑150 (MQ=255) aGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGATGGCAACCAGATa > 1:661084/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTGCGTATCTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATaa > 2:263113/1‑150 (MQ=255) gCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATaa > 2:787554/1‑150 (MQ=255) aGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAAttt < 2:517876/150‑1 (MQ=255) aGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAAttt < 1:270660/150‑1 (MQ=255) aGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAAttt > 1:1210447/1‑150 (MQ=255) gATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTa > 1:397480/1‑150 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGTACTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTATCGTTGGCAACCAGAAAATTTAACAg > 2:613388/1‑150 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTg > 1:36173/1‑130 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTg < 2:36173/130‑1 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAg < 2:1504842/150‑1 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAg < 2:525984/150‑1 (MQ=255) cGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTAAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAg < 1:415721/150‑1 (MQ=255) | GTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAG > NC_000913/4501760‑4502055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |