Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,502,106 | A→C | 6.8% | A442A (GCT→GCG) ‡ | insG ← | KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,502,106 | 0 | A | C | 6.8% | 358.3 / 15.2 | 117 | A442A (GCT→GCG) ‡ | insG | KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/57); new base C (5/3); total (57/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCTCCGGTATACGTCCCGG > NC_000913/4501957‑4502255 | ggCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGCCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTaa > 1:1232695/1‑150 (MQ=255) tGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCaa > 1:1453610/1‑150 (MQ=255) gACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAac > 2:745507/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |