Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 568,691 | T→A | 5.3% | intergenic (+44/‑4) | emrE → / → ylcJ | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE/protein YlcJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 568,691 | 0 | T | A | 5.3% | 555.1 / 12.1 | 169 | intergenic (+44/‑4) | emrE/ylcJ | multidrug/betaine/choline efflux transporter EmrE/protein YlcJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/56); new base A (3/6); total (107/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAA > NC_000913/568543‑568840 | tttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttata > 1:1000124/1‑150 (MQ=255) tttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttata < 2:150193/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAg < 1:483049/150‑1 (MQ=255) 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GGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAA > NC_000913/568543‑568840 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |