| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 584,653 | A→G | 5.9% | intergenic (+223/+27) | appY → / ← ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 584,653 | 0 | A | G | 5.9% | 458.2 / 12.9 | 152 | intergenic (+223/+27) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/83); new base G (3/6); total (62/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
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tATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGt > 2:213122/1‑150 (MQ=255) tttCCCCGAGGTGAAAATCGCCCCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTg > 1:807599/2‑150 (MQ=255) tCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGaa > 1:19659/1‑150 (MQ=255) tCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAACACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTACTCCATTTTTGCTGTAGTGTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGaa > 2:661234/1‑150 (MQ=255) ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGc > 2:1042800/1‑111 (MQ=255) ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAg > 1:341455/1‑150 (MQ=255) ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAg < 1:317073/150‑1 (MQ=255) ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAg > 2:1295585/1‑150 (MQ=255) ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAg < 2:1434094/150‑1 (MQ=255) cccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATa < 1:1224453/141‑1 (MQ=255) cGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTAt < 1:45566/150‑1 (MQ=255) gtgctaTTTTCAGCTCTGGGAAATTTTAGTTTGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTa < 1:673480/145‑1 (MQ=255) gCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTAcc < 2:413341/150‑1 (MQ=255) aTTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCttt > 2:1413746/1‑150 (MQ=255) tCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTa < 2:1491699/150‑1 (MQ=255) aCCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTAtt < 1:1295585/150‑1 (MQ=255) | ACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATT > NC_000913/584504‑584802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |