Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 584,656 | T→C | 5.9% | intergenic (+226/+24) | appY → / ← ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 584,656 | 0 | T | C | 5.9% | 471.4 / 13.5 | 152 | intergenic (+226/+24) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/87); new base C (3/6); total (59/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGT > NC_000913/584507‑584805 | aTTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCt > 1:1106343/1‑150 (MQ=255) aTTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCt > 1:150854/1‑150 (MQ=255) aTTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGATTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCACGGGGCGATTTTCACCt > 2:1355619/1‑150 (MQ=255) 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tGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGAt < 2:1494967/150‑1 (MQ=255) acttATTCCCCGGGGCGATTTTCCCCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTGTTAAAATGGGTACTTAAGACCAGCACTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATaa < 2:1495724/148‑1 (MQ=255) tATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGt > 2:213122/1‑150 (MQ=255) tttCCCCGAGGTGAAAATCGCCCCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTg > 1:807599/2‑150 (MQ=255) aTTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTg > 2:428815/1‑150 (MQ=255) 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ccccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAg > 1:341455/1‑150 (MQ=255) cccGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATa > 2:1224453/1‑141 (MQ=255) gtgctaTTTTCAGCTCTGGGAAATTTTAGTTTGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTa < 1:673480/145‑1 (MQ=255) gATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCtt < 2:664359/150‑1 (MQ=255) aTTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCttt > 2:1413746/1‑150 (MQ=255) aTTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTATTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACAttt > 1:1440419/1‑150 (MQ=255) tttCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCttttt < 1:941674/150‑1 (MQ=255) tCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTa < 2:1491699/150‑1 (MQ=255) aCCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTAtt < 1:1295585/150‑1 (MQ=255) cTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCg < 2:1271815/150‑1 (MQ=255) cTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCg < 2:256591/150‑1 (MQ=255) | ATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAACCTTCTGGGTTTATTTTAAGGGTTAATTGTTACATTGAAATGGCTAGTTATTCCCCGGGGCGATTTTCACCTCGGGGAAATTTTAGTTGGCGTTCTTAAAATGTGTACTTAAGACCAGCAGTAGTGATGAAGTTATAGTTTTCTATACCTGCTCCATTTTTGCTGTAGTCTGAAGTGTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGT > NC_000913/584507‑584805 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |