| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,009 | 0 | T | A | 11.4% | 533.3 / 50.5 | 217 | intergenic (+169/+47) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/137); new base A (5/20); total (60/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-02 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
ATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATAAATACG > NC_000913/720860‑721157 | atTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt < 2:156907/150‑1 (MQ=255) ttCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta < 2:409946/150‑1 (MQ=255) tCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat > 2:1182315/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |