| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 721,011 | T→A | 11.4% | intergenic (+171/+45) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,011 | 0 | T | A | 11.4% | 594.1 / 54.3 | 220 | intergenic (+171/+45) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/138); new base A (5/20); total (62/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATAAATACG > NC_000913/720862‑721157 | ggAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCtt < 2:970153/150‑1 (MQ=255) ggAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtt < 1:781057/150‑1 (MQ=255) taaaTACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAA‑TGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCttt < 2:409130/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |